Thomson Scientific a répondu aux critiques, de façon plutôt convaincante il faut le dire (et je ne suis pas le seul à  le penser). Voici par exemple leur argumentation concernant l'accusation que la sélection des articles "citables" ou "non citables", qui a une grande influence sur le calcul du facteur d'impact, se fait parfois après discussion avec l'éditeur :

The coding of documents by Thomson Scientific is not based merely on "bibliographic criteria such as keywords and number of references," as the article suggests. Document type coding is based on a detailed, journal-by-journal review of the presentation and labeling of articles in a journal, expanded by information provided by publishers regarding the content and structure of the journal, as well as key bibliometric characteristics. These methods have proven effective across many years, though they are not always satisfying to publishers and editors who request that certain types of articles not be included as citable.

Thomson Scientific never negotiates with publishers on coding articles, often to their chagrin and sometimes despite their strong objection. Many journals change their content across the years, and most publishers will cooperate with Thomson to alert us to coming changes so that we can ensure the continued correct indexing of materials.

At times, a journal’s content will be significantly modified but the effects of such a change on the impact factor will not be recognized by the publisher for a year or two. It is not uncommon for a publisher or editor to request a review of the indexing of their content and how past changes to that content could have affected the determination of "citable items." Thomson staff will analyze and review up to three years of content to arrive at a fully informed determination of the proper indexing. Any required changes are then applied – most often from the current year onward rather than retroactively.

Incidemment, c'est avec SCImago que s'ouvre l'article de Nature qui rapporte la nouvelle. La même alternative que je mentionnais dans mon billet. Et Declan Butler d'en détailler les avantages et le fonctionnement, basé sur la base Scopus et bénéficiant de son propre algorithme de calcul du facteur d'impact. Algorithme qui a l'avantage d'être récursif, une citation par une revue à  fort impact valant plus qu'une citation par une revue de classe C. Comme le PageRank de Google donc, et comme j'en suggérais l'idée il y a un an. Une façon, selon les auteurs de SCImago, de mesurer le prestige et non la popularité… Après l'indice h et l'indice y, saluons le retour en force de la diversité en scientométrie !

Mà J 17/01/2007 : Voir enfin la réponse (courte) du Journal of Cell Biology (via phnk).