La science, la cité

Albertine Proust signale sur Twitter que la revue Medical Hypotheses est actuellement sur la sellette : son éditeur Elsevier réclame qu'elle se soumette à la revue par les pairs, après la publication en juillet 2010 d'un article de l'équipe du virologiste Peter Duesberg (UC Berkeley) selon lequel le HIV n'est pas la cause du SIDA et les données épidémiologiques et démographiques démentent l'existence d'une épidémie massive de SIDA en Afrique du sud. Le sujet est sensible, mais prenons un peu de recul.

De cette revue, j'en parlais dans mon plaidoyer pour la diversité en science il y a deux ans. Ce qui ressortait, c'est que l'absence de publication d'une idée qui aurait pu être vraie fait plus de mal que la publication d'une douzaine d'idées qui se révèlent être fausses. Selon le rédacteur en chef de cette revue atypique, les idées bizarres ont tendance à attirer l'attention et peuvent stimuler des réponses de valeur — même quand un article est essentiellement erroné. D'autres revues jouent ce rôle dans d'autres disciplines : Journal of Scientific Exploration, Electronic Journal of Mathematics and Physics, International Journal of Forecasting. Mais faut-il pour autant que la décision de publication repose entre les mains d'un seul homme ?

Répondront non ceux pour qui ce qui n'est pas examiné par les pairs n'a pas de valeur. C'est la raison pour laquelle la revue Chaos, Solitons and Fractals qui semblait noyautée entièrement par son rédacteur en chef fut pointée du doigt à la fin de l'année 2008^[1]. Son éditeur, Elsevier, fut là aussi sommé de réagir.

Répondront oui ceux qui y voient la garantie d'un espace d'expression un peu différent, moins soumis aux contraintes de la communauté. Les nombreuses lettres de soutien publiées sur son blog par le rédacteur en chef laissent penser que la revue Medical Hypotheses remplit cette fonction et les exemples ne semblent pas manquer pour dire que telle théorie publiée il y a 10 ou 15 ans, qui paraissait totalement hétérodoxe à l'époque, est aujourd'hui considérée comme "normale".

Une des difficultés de ces affaires c'est qu'elles condamnent sans appel et mettent dans le même sac des pratiques éditoriales douteuses et la publication de théories considérées comme fumeuses. Ainsi, Chaos, Solitons and Fractals fut notamment l'antre de la relativité d'échelle de Laurent Nottale, une théorie dont on ne sait toujours pas trop quoi faire…

À mon avis, il ne faut pas jeter le bébé avec l'eau du bain et il important de maintenir des espaces d'expression à la marge. Les scientifiques ont beau jeu de prétendre que ce qui n'est pas évalué par les pairs n'est pas d'or : les articles d'Albert Einstein ne l'ont jamais été et on connaît trop bien les dérives du peer review (effets de cliques notamment). Cependant, faut-il appeler ceci des revues et les indexer dans Pubmed ? Probablement pas, de la même façon qu'un billet de blog ou un pre-print publié dans arXiv peut être cité sans appartenir formellement à une revue (voire même être récompensé par la médaille Fields). Si notre définition de la revue scientifique est intouchable (rédacteur en chef indépendant, comité de lecture…) alors c'est la nature de l'article scientifique qu'il faut revoir pour pouvoir y inclure ces formes d'expression plus libre.

Pour rattraper le retard omniprésent dans le discours politique sur la science française, une solution est couramment avancée : créer des pôles mondiaux de compétitivité, sélectionner les meilleurs laboratoires et fermer les autres. La science française ne serait-elle pas plus performante avec uniquement des chercheurs qui sortent du lot ?

Le problème de cette rhétorique, c'est qu'elle nie un aspect élémentaire de la recherche scientifique : celle-ci ne se nourrit pas que des meilleurs chercheurs, des prix Nobel. Ce sont les labos moyens qui construisent le terreau sur lequel les meilleurs peuvent pousser et qui forment le chercheur de demain. On peut aussi penser que sont les explorateurs de la science normale d'où émergera la prochaine révolution scientifique (au sens de Kuhn), même si selon certains travaux la différence entre la performance d'un pays dans la science normale et la science révolutionnaire semble suggérer que ces deux systèmes de recherche évoluent vers la séparation. Clairement, la croissance des deux types de science ne va pas toujours de paire.

Ecrémer la recherche par le haut, c'est aussi réduire sa diversité. Or comme le notait le paléo-anthropologue Pascal Picq sur France inter samedi dernier, il y a deux façons d'avancer en science :

• la démarche dite "ingénieur", qui cherche des solutions à  des problèmes bien identifiés ;
• la démarche fondée sur la diversité, qui explore l'ensemble des voies possibles sans but immédiat.

Et les biologistes évolutionnistes savent qu'en cas de modification de notre environnement, ce sont les richesses de la diversité qui permettent la survie de quelques uns. Sans diversité et faculté de s'adapter rapidement, c'est tout le monde qui est menacé. Un excellent exemple : six semaines après l'identification du virus du SRAS, l'équipe de Rolf Hilgenfeld (Institut de biochimie de l'Université de Lübeck) publia la structure tridimensionnelle d'une protéine indispensable à  la réplication du SRAS-CoV, ouvrant ainsi la voie à  l'élaboration de médicaments. En pleine flambée pandémique.

"Cette histoire illustre le fait que la recherche ne peut être financée uniquement par des grands programmes planifiés par des agences", souligne le chercheur. "Il faut maintenir une recherche de pointe motivée par la seule curiosité." Cette curiosité avait conduit Rolf Hilgenfeld, dès 2000, à  se demander pourquoi les coronavirus étaient tenus pour inoffensifs chez l'homme, alors qu'ils peuvent provoquer des maladies très graves chez le porc ou le chat. Il entama alors des recherches sur les mécanismes de réplication de ces virus pathogènes d'animaux, quand la crise du SRAS éclata. Dans l'urgence, il étendit par modélisation informatique les résultats de ses travaux au SRAS-CoV, qui en était très proche. Sa publication dans Science le 13 mai 2003, mondialement commentée, suggérait également d'utiliser une molécule déjà  commercialisée, le AG 7088, comme point de départ pour l'obtention d'un médicament.

La diversité se traduit aussi à  travers l'existence de revues moins "butées" que leurs consoeurs, plus ouvertes aux hypothèses nouvelles et orthodoxes. Dans un des articles que je citais pour mon billet sur le rejet des articles scientifiques, on lit ceci (p. 741) :

(…) nous avons besoin de nouveaux canaux de communication pour les théories et opinions alternatives. En économie par exemple, quelques journaux comme l'International Journal of Forecasting publient des articles qui mettent en cause les pratiques et croyances communes. Les scientifiques qui mettent en cause les paradigmes dominants utilisent souvent des revues alternatives qui, assez curieusement, utilisent également le système de revue par les pairs (peer review). Parmi ces revues alternatives figurent le Journal of Scientific Exploration, Medical Hypotheses et le Electronic Journal of Mathematics and Physics.

MàJ 15/03/2010 : Une erreur s'est glissée dans ce passage, en fait les articles de la revue Medical Hypotheses ne sont pas revus par les pairs.

La revue Medical Hypotheses citée ici vaut le détour, et le blog de son rédacteur en chef également. Dans un récent billet-éditorial, il expliquait par exemple pourquoi la science a besoin d'une revue comme la sienne :

(…) l'absence de publication d'une idée qui aurait pu être vraie fait plus de mal que la publication d'une douzaine d'idées qui se révèlent être fausses. Les idées bizarres ont tendance à  attirer l'attention et peuvent stimuler des réponses de valeur ” même quand un article est essentiellement erroné. Un article peut avoir des défauts mais contenir malgré tout les germes d'une idée qui pourra être développée.

Pour autant, le comité de rédaction de la revue évite de tomber dans le piège de la pseudo-médecine ou du relativisme à  tout crin (Medical Hypotheses est ouvert à  la publication de théories scientifiques dans le domaine de la bio-médecine, mais les autres types de théories non-scientifiques sont en dehors de son champ) et reste conscient de son particularisme (la science ne fonctionnerait pas efficacement si toutes les revues étaient comme Medical Hypotheses : il y aurait trop de bruit dans le système). Là  encore, la diversité est nécessaire dans tous les sens

Comme le soulignait Jean-François Bach (secrétaire perpétuel de l'Académie des sciences, 3'15) lors du colloque consacré à  l'évolution des publications scientifiques, les idées les plus nouvelles, les plus grandes innovations ont plus de mal, ont souvent du mal à  passer la barrière de l'expertise ou revue par les pairs. Et Bach de donner l'exemple de la découverte des hybridomes et des anticorps monoclonaux, dont la publication a été d'abord refusée par Nature avant d'être finalement acceptée, sous forme de lettre alors qu'un article complet avait été soumis…

Les autres exemples ne manquent pas : Fermi, Joule, Avogadro et de nombreux prix Nobel ont parfois eu du mal à  faire paraître leurs travaux les plus novateurs (Juan Miguel Campanario fournit une énumération truffée de témoignages qui va faire chaud au cœur à  blop et Timothée).

Un exemple en forme de clin d'oeil, tiré d'un autre article de Campanario, destiné à  ceux qui avaient apprécié le billet du C@fé des sciences sur l'inactivation du chromosome X :

Mais alors, que faire ? Ne peut-on pas distinguer le cancre (rejeté) du génie (rejeté lui aussi) ? Ce système est-il à  jeter à  la poubelle ?

Cela dépend des raisons pour lesquelles ces articles sont rejetés. Parfois, et même pour un prix Nobel, un article peut-être entaché d'erreurs, imprécis ou pas suffisamment mûr. C'est le lot commun des chercheurs de se faire rejeter des articles, les motifs qui reviennent le plus souvent avec le plus de force touchant à  la théorie décrite, à  la conception du travail de recherche (design) et à  la discussion des résultats obtenus. La question de la théorie arrive en premier, les rapporteurs étant en effet attentifs à  l'apport du manuscrit à  la théorie en cours ou la qualité de la nouvelle théorie proposée. Avec les travers cités plus hauts (une théorie avant-gardiste aura peu de chances de convaincre les gardiens du temple), qui font dire à  certains que la revue par les pairs est plus faite pour réguler la science normale (au sens de Kuhn) que pour permettre les changements de paradigme. Ce que certains chercheurs saluent dans le sens où changer de paradigme tous les quatre matins aurait un coût énorme !

En fait, face à  un rejet, le génie sera peut-être celui qui suit ce conseil d'un chercheur cité par Joseph Hermanowicz :

Vous devez être créatif. Vous devez avoir de bonnes idées et les amener jusqu'au bout. Vous devez sans aucun doute être suffisamment intelligent pour avoir des idées, suffisamment tenace pour pousser sans arrêt, et suffisamment confiant pour savoir que vous êtes sur la bonne voie, et aussi pour vous réorienter quand vous faites une erreur."

Nous faisons tous des erreurs et nous nous faisons tous rejeter des articles mais il y a celui qui croit en ses résultats et celui qui se décourage aussitôt ! Si vous êtes dans le premier cas et souhaitez faire entendre raison à  vos pairs, voici un guide pratique des stratégies les plus fréquemment utilisées d'après un sondage auprès de chercheurs pour qui ça a marché :

Un séminaire de recherche à  l'université Louis-Pasteur, Strasbourg :

• un chercheur > Dans cet article, Nancy Tomes n'annonce son plan qu'à  la toute fin de son introduction. Introduction qui fait 7 pages…
• une chercheuse > …et qui est si riche en références bibliographiques qu'on croirait qu'elle a voulu justifier la parution de son article [sur la consommation des biens de santé entre 1900 et 1940] dans une revue d'histoire générale [au lieu d'une revue d'histoire de la médecine].
• le premier chercheur > Ou ce sont les rapporteurs qui ont insisté pour qu'elle se livre à  ce travail historiographique…

Un peu plus tard :

• moi > A propos du fait que l'article soit très programmatique mais peu étayé par des études de cas précis, j'ai été marqué par l'épisode de l'étude sur la syphilis de Tuskegee (p. 542). Une affaire que je ne connaissais pas et dont j'aimerais savoir plus mais c'est un très mauvais exemple dans ce contexte, quand Tomes veut montrer la manière dont les noirs ont été exclus de la consommation ordinaire de biens de santé !
• le professeur > En effet. Aujourd'hui, on ne peut plus faire ce genre de recherches aux Etats-Unis sans consacrer un passage aux questions ethniques. J'ai l'impression qu'elle l'a fait ici pour anticiper les réactions des rapporteurs, mais sans rapport finalement avec le fond de son article.

On savait déjà  que les commentaires des rapporteurs après soumission d'un article scientifique conduisent parfois à  des concessions illogiques ou antagonistes. On savait aussi que l'auteur d'un article a tendance à  intégrer les contraintes de sa communauté pour que son article soit accepté puis lu. En voici un (bel) exemple ici. Difficile après cela de juger de la qualité "intrinsèque" d'un article (ou en tous cas de ce qu'un chercheur a voulu vraiment dire) indépendamment de son contexte de publication…

En lisant le récent billet d'Olivier Ertzscheid consacré à  la revue par les pairs, je me disais qu'il aurait tout à  fait sa place sur ce blog, notamment pour compléter le billet de Benjamin. La licence Creative Commons sous laquelle il publie ses écrits (et moi les miens) autorisant la diffusion (nonobstant la mention de l'auteur original, l'absence de but commercial et la propagation de la licence), je me permets de copier ce billet ici-même... Enjoy !

Il était une fois un papa qui faisait de la recherche. Il était chercheur. Un jour, le téléphone de papa sonne : c'est une dame qui lui demande s'il serait d'accord pour écrire un article sur les moteurs de recherche pour une revue très connue et très renommée. Normalement, les revues n'envoient pas des dames mais plutôt un message à  tous les chercheurs sur Internet pour leur demander s'ils veulent ou non écrire un article, ce qui est plus démocratique. Mais il y a aussi plein de revues qui préfèrent téléphoner directement aux chercheurs qu'elles connaissent pour le leur proposer. C'est moins démocratique, mais c'est plus pratique. Et puis il y a aussi des revues qui font les deux (des dames ET sur internet).

Donc papa est content et il accepte d'écrire un article. Comme papa est aussi un peu fainéant et qu'il préfère bosser à  plusieurs plutôt que tout seul, il téléphone à  deux autres de ses copains chercheurs pour leur proposer d'écrire l'article avec lui, ce que ses copains acceptent. Et papa et ses deux copains se mettent au boulot.

Quelques mois plus tard (bé oui, c'est long d'écrire un article), papa et ses copains envoient l'article à  la dame qui le leur avait demandé. Et là  ... des messieurs et des dames invisibles (on ne sait pas qui c'est, on sait juste qu'ils sont deux et que ce sont des chercheurs comme papa), relisent l'article de papa et de ses copains pour dire s'il est intéressant ou non.

Quelques mois plus tard (bé oui, c'est long à  relire des articles, et en plus ils n'ont pas que celui de papa et de ses copains à  relire), quelques mois plus tard donc, les deux messieurs invisibles disent à  la dame qui a demandé l'article a papa, si l'article est bien ou non. Si les deux le trouvent bien, ça va. Si les deux le trouvent nul, ça va aussi (papa sera un peu déçu mais pas trop quand même). Mais très souvent, il arrive que les deux messieurs invisibles ne soient pas d'accord entre eux :

• Monsieur 1 trouve l'article de papa et de ses copains super-intéressant, très clair et avec plein d'idées dedans ...
• mais Monsieur 2 trouve qu'il n'est pas clair, qu'il n'est pas intéressant et qu'il n'y a pas d'idées dedans.

De toute façon, Monsieur 1 et Monsieur 2 sont censés dire à  Papa et à  ses copains pourquoi ils ont aimé (ou détesté) leur article, et aussi leur demander de changer des choses ou des idées dans l'article. Mais le problème, c'est que souvent Monsieur 1 et Monsieur 2 ne sont pas invisibles que pour papa et ses copains. Ils sont aussi invisibles ... entre eux !!! Et du coup Monsieur 1 ne sait pas ce que Monsieur 2 a demandé de changer à  Papa dans son article, et pareil pour Monsieur 2 qui ignore tout des remarques de Monsieur 1. Alors il arrive que Monsieur 1 demande à  papa d'écrire avec des mots plus simples parce que l'article est trop compliqué, et que Monsieur 2 demande à  Papa d'écrire avec des mots plus compliqués parce que l'article est trop simple ...

Du coup, Papa et ses copains ne savent plus trop quoi faire ni s'ils doivent écouter les conseils de Monsieur 1 ou ceux de Monsieur 2. Mais comme papa et ses copains sont de gentils chercheurs, comme la dame qui leur a demandé d'écrire cet article était gentille, et comme la revue dans laquelle l'article sera peut-être publiée est super-connue (plus que Titeuf par exemple), papa et ses copains se remettent au travail comme ils peuvent, en essayant de se débrouiller pour que Monsieur 1 ET Monsieur 2 soient contents.

Quelques mois plus tard (bé oui c'est long de réécrire un article surtout que, souvenez-vous, Monsieur 1 et Monsieur 2 ont demandé à  papa et à  ses copains des choses contradictoires), quelques mois plus tard, l'article est fini et papa et ses copains le renvoient à  la dame, qui le renvoie à  Monsieur 1 et Monsieur 2. Monsieur 1 qui était content quand il avait reçu le premier article de papa et de ses copains, est toujours content. Mais Monsieur 2 lui, ne l'est toujours pas, et il recommence à  faire plein de remarques à  Papa (enfin à  la Dame, qui ira les rapporter à  papa, vu que, souvenez-vous, Monsieur 2 est toujours invisible pour papa et ses copains). Du coup, la Dame qui avait demandé l'article à  Papa va aller dire à  Papa que comme Monsieur 2 n'est toujours pas content, son article ne pourra finalement pas être publié dans la revue (et papa ne sera jamais aussi célèbre que Titeuf, mais ça c'est pas grave).

Quand papa et ses copains regardent la lettre que leur a fait passer la Dame, et dans laquelle Monsieur 2 explique pourquoi il n'est pas d'accord avec Papa et avec ses copains, Papa et ses copains aimeraient bien téléphoner ou rencontrer ou même envoyer un message à  Monsieur 2 pour pouvoir discuter avec lui et essayer, la prochaine fois, de faire un meilleur article. Mais voilà  ... Monsieur 2 n'est pas seulement invisible, il est aussi ... impalpable. Ca veut dire qu'on ne peut pas le voir et qu'on ne peut pas non plus le toucher (alors que Harry Potter, même sous sa cape d'invisibilité, on peut le toucher). Bien sur, Papa et ses copains pourraient écrire une lettre pour Monsieur 2, et demander à  la Dame de la lui remettre, mais la Dame n'a pas que ça à  faire. Elle est très occupée, et d'ailleurs Papa et ses copains aussi.

FIN

Et pour une illustration de ce texte, lui-même déjà  largement inspiré par le vécu de l'auteur, je renvoie vers une intervention récente de Vincent Fleury, nous parlant de ses expériences avec Nature et Science.

Jusqu'à  présent, le dessein intelligent (intelligent design, sorte de créationnisme 2.0) se présentait sous la forme d'un paquet d'arguments et de raisonnements, jetés à  la tête de l'évolutionniste critique. Ces arguments, on les trouvait dans des brochures, sur des sites Internet et dans des livres de "vulgarisation" destinés au grand public. Depuis peu, quelques tentatives s'efforcent de donner du caractère scientifique au canon du dessein intelligent, par exemple grâce à  un livre de cours qui se veut structuré et synthétique : L'Atlas de la création, dont Benjamin nous a déjà  parlé. Mais il restait la question de la recherche "en train de se faire" : quid des modes de communication des créationnistes travaillant dans des instituts comme le Discovery Institute ou l'Institute for Creation Research ? Ces chercheurs allaient jusqu'à  se plaindre dans Nature de ne pas pouvoir y publier !

Ceci est terminé. Via Improbable Research, on apprend qu'une revue consacrée aux recherches créationnistes vient d'être créée : l'International Journal for Creation Research. Et il s'agit bien d'une revue où les articles sont évalués par des pairs (peer review)^[1].

Alors quoi, en se mettant enfin au diapason de la science, le créationnisme deviendrait scientifique ? Ca dépend de ce que l'on entend par "scientifique"… Bruno Latour, dans le texte "Vous avez dit "scientifique" ?" publié en septembre 2000 dans La Recherche^[2], distingue trois sens de ce mot :

• une forme de discours qui permet de renvoyer dans les cordes la sagesse populaire et les rumeurs oiseuses, parce qu'il n'y a plus à  discuter ;
• des entités nouvelles dont on n'avait jusqu'ici jamais entendu parlé, (…) à  l'intérieur de communautés scientifiques originales. Au lieu de clore une discussion, ces entités-là  rendent les interlocuteurs perplexes ;
• un énoncé renforcé par une grande quantité de chiffres, données, de preuves. Alors que le premier sens renvoie plutôt à  l'indiscutable et que le second porte sur la nouveauté et la perplexité qu'elle engendre, ce troisième sens porte sur ce que l'on pourrait appeler la logistique.

C'est cette "logistique" que vient de s'offrir le créationnisme à  travers l'indispensable revue avec comité de lecture. Désormais, il pourra se vanter de manipuler des chiffres et de s'appuyer sur des citations en bonnes et dues formes, il pourra se vanter de créer des entités nouvelles comme la baraminologie — mais pas forcément de fabriquer des discours suffisamment solides pour pouvoir être assénés à  un dîner. Il lui manque encore ce premier sens du mot "scientifique", lequel est qualifié par Bruno Latour de sens de l'épistémologie politique.

Un peu comme si on fondait aujourd'hui une branche de la chimie sur l'existence du phlogistique (comme avant Lavoisier) ou du mercure philosophal (comme dans l'uchronie de Gregory Keyes). Après tout, il pourrait y avoir des gens pour financer, ça marcherait bien (en cercle fermé) et on garderait la face… Mais in fine, on demande bien à  la science de créer des entités qui ne peuvent plus être retournées ou contournées, ou alors de se contenter d'être philosophie ou métaphysique. Parions que le dessein intelligent risque de finir ainsi, lui qui n'hésite pas à  considérer que quand nous n'avons pas d'explication naturelle à  un fait de la nature, nous devrions le dire au lieu d'en chercher absolument !

Je dois reconnaître que j'ai tardé à  écrire ce volume 4, d'où un sommaire très riche !

En janvier dernier, un article publié dans PLoS Medicine analysait 2856 évaluations (reviews) pour la revue Annals of Emergency Medicine, signées par 306 rapporteurs (reviewers) expérimentés. D'où il apparaît que le seul indicateur significativement corrélé à  un rapport de lecture de qualité est le fait d'avoir été formé il y a moins de 10 ans ou de travailler dans un hôpital universitaire. D'autres travaux avaient fait ressortir l'impact positif sur l'évaluation d'une formation en épidémiologie ou statistique ou avaient souligné que l'effet de la formation est faible et à  court-terme. Quand en plus on sait que le peer-review est souvent impuissant à  détecter la fraude ou les erreurs, le comité de rédaction de PLoS Medicine se permet de poser la question qui dérange : pourquoi s'embêter finalement avec le peer-review ? Les réponses ne manquent évidemment pas, ici comme chez eux !

Le 4 février, une dépêche de l'Agence Reuters faisait l'apologie d'un nouvel espoir de médicament contre le cancer. Katherine Schaefer aurait découvert par hasard qu'un régulateur de PPAR-gamma avait tué ses cultures de cellules tumorales. "On tient sans doute un nouveau médicament contre le cancer", pensa-t-elle alors... dès 2005 ! Rien de très nouveau, affirme le blog Spoonful of medicine. Alors pourquoi ressortir cette histoire aujourd'hui, et quel rapport avec les thématiques de ce blog ? Eh bien, il semble que c'est une attachée de presse zélée de l'université de K. Schaefer, qui a remis cette histoire au goût du jour saisissant l'occasion d'un nouvel article publié, et utilisant l'emballage attrayant de la "découverte par hasard". Or même cet excellent guide d'écriture d'un communiqué de presse scientifique passe sous silence la règle n° 1 : n'écrire un communiqué qu'à  bon escient, quand quelque chose de véritablement nouveau est publié, et sans sur-vendre !

Le 1er mars, le Journal of Clinical Investigation présentait sa nouvelle politique vis-à -vis des conflits d'intérêts. En soulignant bien qu'admettre un conflit d'intérêt potentiel ne signifie pas nécessairement qu'un auteur ou un résultat n'est plus crédible ; cela permet plutôt au lecteur d'interpréter les motivations et contributions d'un auteur ou d'une source de financement donnés à  la lumière de ces potentiels conflits.

©© nic221

Le 27 mars, un article signé par le comité de rédaction de PLoS Medicine revenait sur la pratique des revues systématiques (systematic reviews ou SR) de la littérature bio-médicale. A la différences des méta-analyses, il ne s'agit pas forcément de passer un ensemble de résultats à  la moulinette statistique mais de présenter de manière synthétique et critique l'ensemble des travaux relatifs à  une question bien précise. 2500 de ces revues systématiques sont désormais publiées par an, dont certaines qui sont de mauvaise qualité ou pas à  jour peuvent tromper, et la publication sélective de SR qui sont connotées politiquement — ou la non-publication de celles qui ont des résultats dérangeants — peuvent menacer leur crédibilité. D'où ces recommandations valables pour PLoS Medicine comme pour PLoS ONE.

Le même jour, GlaxoSmithKline était jugé coupable de manquements au Fair Trading Act néo-zélandais et condamné à  payer une amende de 217 500 $. Pourquoi ? Parce que les affirmations de GSK sur le contenu en vitamine C de sa boisson Ribena étaient erronées, comme l'ont montré... deux collégiennes de 14 ans ! A l'occasion de travaux pratiques sur la vitamine C, elles avaient constaté que les 7 mg / 100 mL prétendus par la publicité étaient indétectables. Un bel exemple de science amateur ou science populaire. (via le blog Improbable Research)

Enfin, un article du numéro du 29 mars de Nature creusait en détail la question de la réplication des résultats, en particulier dans le domaine des cellules souches. Où il apparaît que, à  l'image de travaux publiés en 1999 et en 2002 dont les résultats n'ont jamais pu être reproduits et qui font encore débat, c'est tout le domaine des cellules souches qui est sur la sellette. Parce qu'il est très "chaud" (enjeux économiques), sous haute-surveillance (enjeux éthiques et politiques) et fait appel à  du matériel très délicat à  manipuler, il semble en effet plus exposé que les autres. Et dans ces conditions, la fraude n'est jamais loin... Une bonne raison pour redoubler de prudence dans la couverture médiatique de ce type de travaux !

La structure d'un blog, sa parcellisation en billets, rend difficile la vision synthétique. Ainsi, j'ai pu parler ici de PLoS ONE, là  du peer-review, ici des difficultés à  intégrer la réplication des résultats dans le cours normal de la recherche, là  de la fraude, ici des protocoles expérimentaux bien différents de la réalité. Bien-sûr, on obtient une image assez large des défis de la science aujourd'hui ” mais plus un puzzle qu'un tableau de Hopper.

©© INTVGene

Le prétexte à  rassembler toutes ces pièces dipersées m'est fourni par un article de Nature publié en juillet 2006, sur lequel je suis retombé récemment. Comme quoi, il est bon de lire et bookmarker une première fois pour mieux y revenir ensuite par sérendipité... Dans cet article, le journaliste Jim Giles aborde un grand nombre de thèmes et fait le constat suivant (ma traduction) :

Il y a quarante ans, l'immunologiste et Prix Nobel Peter Medawar déclarait que tous les articles scientifiques étaient frauduleux, dans le sens où ils décrivent la recherche comme un doux passage des hypothèses aux conclusions en passant par les expériences, quand la réalité est toujours moins nette que cela. Les commentaires, blogs et trackbacks, en élargissant le domaine de la publication au-delà  des limites de l'article traditionnel, pourraient rendre la littérature scientifique un peu moins frauduleuse ” dans le sens de Medawar comme dans le sens plus général. Ils pourraient aussi aider les nombreux scientifiques frustrés qui luttent pour reproduire des découvertes alors que, peut-être, ils ne devraient pas se donner tant de mal. La réplication, malgré toute son importance conceptuelle, est une affaire sociale, chaotique (messy) ; il se pourrait qu'elle ait besoin d'un médium social, chaotique.

Une profession de foi que je fais mienne, assurément !

J'ai aussi récemment vu une exhortation à  publier des thèses controversées dans des journaux en accès libre, en l'occurrence PLoS ONE, afin qu'elles puissent être discutées ouvertement et sérieusement : le physicien atypique Vincent Fleury est ainsi apostrophé par OldCola (pseudonyme d'un biologiste). Une autre convergence entre préoccupations finalement pas si éloignées...