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Rationalisme et zététique


Extraits de "Militer pour la science. Les nouveaux mouvements rationalistes en France (1930-2005)" de Sylvain Laurens


Sauver le grand public de l'irrationnel. La bataille pour l'information scientifique et contre les pseudo-sciences (1970-1993)


l'Agence française pour l'information scientifique (l'AFIS, qui deviendra Association en 1978), qui entend dès sa formation diffuser auprès du plus grand nombre l'esprit critique et les résultats de la science. Animée par Michel Rouzé, membre de l'UR et héritier de la même histoire politique, l'AFIS offre un parfait témoignage de l'évolution médiatique du combat au nom de la raison dans les années 1970, et indissociablement de la façon dont d'autres parcours et d'autres figures militantes sont désormais mises en avant. Moins concentré sur la question du pacifisme et des grandes puissances se livrant la guerre autour de la science, le militantisme rationaliste prend dorénavant surtout pour cible le grand public, qu'il convient de détourner de la fausse science et des faux savants. Descendant dans l’arène médiatique, le militant rationaliste se doit d'intervenir dans les polémiques d'actualité, de prendre le contre-pied des mystifications médiatiques en y opposant un langage clair et accessible au plus grand nombre sur l'état des connaissances scientifiques. L'idée que la science reste un outil fondamental de l'émancipation des citoyens est toujours en toile de fond et fait que ce rationalisme s'inscrit indubitablement dans la continuité de tous les combats sociaux du début du xxe siècle, tout en en gommant les éléments les plus immédiatement partisans ou explicitement politisés. (p. 120)

Comment parler au grand public de l'innovation technologique ?


les héritiers du noyau Langevin-Joliot n'ont pas tous le même rapport à la science expérimentale en lien avec les mondes industriels. Ils n'ont pas non plus tous pris le même itinéraire politique et n'occupent pas tous les mêmes positions dans le champ scientifique. Une partie d'entre eux reprend la critique des pseudo-sciences pour l'appliquer désormais au militantisme écologique opposé au nucléaire, voire au point de vue de certains de leurs collègues défendant d'autres approches épidémiologiques (voir chapitre suivant). Dans ce contexte, l'accent mis sur l'irrationalisme de certaines pratiques populaires ou de certaines parasciences permet de se tenir à distance des fêlures internes qui menacent le noyau héritier du groupe Langevin et de l'UR. (…) Ce type d'engagement public contre l'irrationnel qui prend pour cible les rumeurs ou les charlatans reste définitivement le compromis le plus acceptable par tous les pôles de la galaxie rationaliste. (p. 143)

Le mouvement rationaliste rattrapé par les patrons des nouvelles bureaucraties savantes (1979-2010)


"Le refus du réel", livre fondateur d'une "sound science" à la française


« Le refus du réel » [publié en 1978 par le médecin et physicien Maurice Tubiana] offre le parfait exemple de la façon dont la lutte contre les pseudo-sciences peut désormais se conjuguer avec une critique des angoisses qui seraient suscitées par le progrès technique. La peur de la mort, relevant à la fois du psychologique et de la nature humaine, expliquerait un comportement tendanciellement irrationnel face au progrès, que seule une information circulant de manière fluide dans l'organisme social pourrait venir compenser. Maurice Tubiana s'y emporte contre l'irrationalisme des patients et les «huit millions de consultations données par an en France par environ 40 000 guérisseurs ». Le maintien de ces pratiques malgré les progrès de la science va, selon Tubiana, de pair avec d'autres, notamment « la mode des produits dits "biologiques", ou "naturels" [qui] constitue un aspect plus récent des mythes alimentaires », alors qu'il serait prouvé que la part des pesticides n'est pas si réduite dans ce type de nourriture et que « médicalement parlant, la hantise du poulet aux hormones et des antibiotiques pour l'alimentation du bétail n'a aucun sens ». (…) Le discours contre les écologistes est très récurrent dans l'ouvrage. Tubiana ironise sur un mouvement qui « prit son essor aux États-Unis avec la bénédiction de la classe politique et des parents heureux de voir les jeunes abandonner une contestation politique violente pour se polariser sur la défense de la nature et des espèces animales en voie d'extinction ». Mettant dans un même panier écologie politique et science environnementale, il s'attaque tout à la fois à la montée de l'écologie sur les campus américains (qui aurait servi de dérivatif et permis de faire oublier aux étudiants l'opposition à la guerre du Vietnam) et à l'intérêt nouveau porté par certains départements de sciences naturelles aux écosystèmes. Parti enseigner en 1967 à l'université de Pennsylvanie (Philadelphie), et à l'université de Stanford (Californie) en 1961 puis 1970, Tubiana y aurait été, si on en croit ses mémoires, horrifié par l'ambiance de ces campus et par ce qu'il appelle l'« écologisme »: « L'écologisme est né en 1962 avec le livre de Rachel Carson, Le printemps silencieux, pendant la période d'agitation estudiantine aux Etats-Unis causée par la guerre du Vietnam où les étudiants partaient pendant leur service militaire. » (pp. 167-168)

Là où la sound science (cette idée que le débat public sur les nouvelles technologies devrait reposer sur de « bonnes » données scientifiques fournies par des experts de tous bords) est portée aux États-Unis par les firmes du tabac, la particularité française de ce retournement dans l'argumentation au nom de la science est qu'il a lieu depuis le secteur public de la recherche, qui développe ses applications industrielles en lien avec des champions nationaux industriels et le monde hospitalier. A cheval entre grands instituts de recherche en santé publique et médecine libérale, Tubiana porte simultanément trois casquettes : il est d'abord un physicien spécialiste des radiations, il est ensuite un soutien du nucléaire civil énergétique, puis un médecin partisan du développement de la médecine nucléaire. Par là, il a tendance à minimiser les formes d'exposition directes à des radiations qu'occasionne l'expansion de ce type de dispositifs médicaux. Dans le cas français, un acteur comme Tubiana a, tout à la fois, combattu toute sa vie les industries du tabac et considéré la cancérologie environnementaliste comme suspecte, car l'approche environnementale est précisément celle défendue à la fois par des cigarettiers et des écologistes critiquant le nucléaire. Reprenant la phraséologie du comité OMS de 1957 auquel il a participé, il assimile les partisans de l'écologie ou les critiques du nucléaire aux tenants de la voyance ou aux fumeurs qui consomment des dérivatifs pour fuir le « vertige du néant » (titre du dernier chapitre de son livre). (p. 171)

Depuis ce point de vue, la science serait d'abord une méthode, et non un esprit adossé par avance à une «logique formelle ». L'expérimentation mettrait en permanence en danger des « théories unitaires et simplificatrices suggérant que tout peut s'interpréter à l'aide de quelques constituants élémentaires ». Après être revenu sur l'épisode Lyssenko, Tubiana définit ce qui doit rester le rôle de la science à l'ère moderne : le « respect des faits », la « méfiance des doctrines », le « scepticisme constructif » et l'« imagination ». Ne pas refuser le réel, ce serait d'abord se plier à ce qui fait le propre de l'expérimentation en laboratoire. Le technique dépolitise. Toutes les études montreraient que « les personnes favorables à l'énergie atomique acceptent le monde moderne » et « tendent à dépolitiser la controverse et à la ramener à son aspect technique ». À l'inverse, les personnes hostiles au nucléaire, souvent issues de milieux littéraires, verraient dans les centrales un moyen de conjurer leur angoisse: « Le contestataire type serait plutôt de formation littéraire et il peut avoir fait des études supérieures. Il tend à politiser le problème et prend volontiers une position anti-technocratique. Pour lui la science est déshumanisante. La nature identifiée à la mère est sacrée, il ressent comme sacrilège toute exploitation intensive de la mère nature et pense qu'il faut en arriver à la croissance zéro pour ménager celle-ci. »

Dans cette nouvelle version du discours rationaliste, l'opposition avec la tradition classique (philosophie, sciences humaines) est consommée. Dans ce cadre-là, le « rôle de l'information » (titre de la troisième partie du livre de Tubiana) est de faciliter la circulation des informations dans le corps de la société. « Les réactions psychosociologiques devant l'atome soulignent l'importance et les difficultés de la communication. Le contact s'établit mal entre l'opinion et les spécialistes », regrette Tubiana. Ce point de vue sur ce qui ferait obstacle à la science entraîne un renversement complet des propositions des physiciens des années 1930, pour lesquels les croyances politiques importaient peu puisque la science allait résoudre la question sociale.

Pour Tubiana, les croyances politiques sont dangereuses, car contraires à l'expérimentation, et il faudrait donc à l'inverse imposer les principes de l'approche expérimentale au champ politique :
« Non seulement les doctrines politiques ne fournissent pas de solutions mais elles peuvent gêner leur recherche dans la mesure où elles conduisent à refuser de voir les faits. Il est vraisemblable que si l'on parvenait à se libérer des cillères issues des dogmes, qu'un abord empirique, objectif permettrait de trouver des remèdes techniques à de nombreux problèmes classés comme politiques ; concilier la réduction des inégalités économiques et sociales avec le maintien des motivations, améliorer l'objectivité de l'information tout en respectant la libre expression des opinions sont des problèmes opérationnels qui peuvent se traiter comme tels ».

Cet ouvrage témoigne d'une transformation des registres d'intervention des savants occupant des positions dominantes dans la bureaucratie scientifique française. Le chemin est ouvert pour une épistémologie plaçant l'innovation technologique « au-dessus» des éventuelles craintes citoyennes. La responsabilité du savant est désormais de ne pas écouter les mises en garde de profanes qui auraient en la matière des pratiques irrationnelles, voire vichystes. Cette approche portée par les tenants de l'instrumentation et de la bureaucratie scientifique a pour elle l'appui du pouvoir politique et la force sociale conférée par une croissance industrielle retrouvée. Elle va peu à peu entrer en concurrence avec le discours tenu par les militants se voulant les héritiers d'une épistémologie engagée. (p. 172-173)

L'UR et l'AFIS tiraillées entre épistémologie engagée et plaidoyer pour la technologie


Peu à peu, le point de vue porté par les tenants d'une science expérimentale va prendre le pas sur celui des héritiers d'une épistémologie engagée. Entraînés par le discours de certains patrons de la bureaucratie scientifique et par des effets d'audience, les défenseurs du rationalisme vont privilégier une posture mêlant glorification des découvertes industrielles et dénonciation des charlatans et des « gogos ». Ce point de vue sera encore renforcé à compter de la seconde moitié des années 1980 par les tenants de la zérétique qui se donnent pour cibles tout autant les pseudo-sourciers que les opposants aux lignes à très haute tension (THT). (p. 182)

La zététique : le rationalisme sans la responsabilité du savant


La zététique contre les technophobes

Dès les premiers enseignements, la zététique ne s'attaque pas qu’aux voyants ou aux croyances religieuses. Elle se donne aussi occasionnellement pour cible les peurs suscitées par les nouvelles technologies. Le site internet du laboratoire niçois est orné par un mot de félicitations de Maurice Tubiana, reçu par Broch après la parution d'Au cœur de l'extra-ordinaire : « De tout temps la science a suscité des réactions de tous ceux qui n'acceptent pas l'objectivité et la rationalité, mais aujourd'hui, dans notre civilisation toute entière fondée sur la science et la technique, ces réactions sont particulièrement dangereuses. » Dans la brochure d'enseignement préparée par Broch, il est précisé d'emblée qu'un des objectifs du cours est de se défaire des charlatans, mais aussi des peurs face à certaines nouvelles technologies. « Quand on vous parlera d'études publiées dans des revues scientifiques et de savants chercheurs ayant, par exemple, "démontré que les lignes THT provoquent des leucémies chez les enfants", vous saurez... que c'est - peut-être - du pipeau et, surtout, vous saurez pourquoi c'est peut-être du pipeau ! », précise ainsi le support de cours pour licence à l'université de Nice sans par ailleurs discuter une série d'articles épidémiologiques sur le sujet qui sont souvent cités par les spécialistes.

[Les étudiants] sont invités à se départir des pseudo-sciences en apprenant à reconnaître ce qui relève de champs cognitifs non scientifiques, à repérer les « Symptômes de science pathologique». Six symptômes seraient ainsi faciles à isoler:
1. Effet maximum observé causé par un agent d'intensité à peine détectable
2. Intensité de l'effet proche des limites de détectabilité
3. Allégations d'une grande précision
4. Théories fantastiques contraires à l'expérience
5. Réponses aux critiques par des excuses ad hoc imaginées sous l'inspiration du moment
6. Pourcentage supporters/critiques grimpe rapidement à 50/50 puis retombe lentement à zéro (source : « Zététique 1, Méthodologie scientifique », support de cours Licence, UFR Sciences, Université de Nice Sophia-Antipolis, http://unice.fr/zetetique/polycop_methodo.pdf external link ) (p. 191-192)

Le triomphe d'une épistémologie de marché


Vers une association de défense du développement technologique et industriel


Un changement de génération à la tête de l'AFIS

La plus grande nouveauté réside dans la multiplication des articles critiquant directement les doutes soulevés par l'exploitation commerciale de certaines technologies (39 % des articles à compter des années 2000). La revue consacre désormais des numéros entiers aux OGM, aux ondes des téléphones portables ou au changement climatique. Selon Jean-Paul Krivine, cette évolution n'est pas spécialement antinomique avec les points de vue de Rouzé. Le décès de celui-ci laissait surtout les coudées franches pour développer pleinement l'AFIS sous un mode plus militant et favorable aux technologies. (…) Le comité de rédaction devient dès lors le lieu de production d'un nouveau «credo», qui repose essentiellement sur l'idée que l'expertise scientifique serait la science et que seule la décision finale relèverait du politique :
« On tombait toujours avec l'UR - je caricature un peu - avec un certain nombre de personnes de l'UR, avec ce qu'on essayait d'écarter.
Il ne s'agit pas de savoir si Monsanto ce sont des bons ou pas, ou si le capitalisme c'est bien ou pas. Il s'agit de savoir si c'est fondé ou pas ce qui est raconté sur les OGM. La décision c'est encore autre chose. Le credo qu'on a vraiment solidifié à l'AFIS et qui est maintenant un truc clair qui est notre marque de fabrique sur ces controverses c'est de dire qu'il faut séparer dans nos sociétés la question de l'évaluation du risque qui rélève de l'expertise et donc des faits scientifiques, des experts, etc. de la question de la décision. Qui bien sûr doit prendre en compte les connaissances mais releve aussi de considerations economiques, sociologiques, politiques et tout ce qu'on veut. Et que le premier est affaire de science et le deuxième de démocratie, de vote et de parlement, Enfin si on veut interdire les OGM parce que Dieu ne veut pas, pourquoi pas, mais la science n'a rien à dire là-dessus. C'est de la politique qui sera sanctionnée aux élections et ça sort de notre champ. »

Sur cette place prépondérante laissée à l'expertise dans une défense du rationalisme, l'évolution est notable - surtout si l'on compare aux Cahiers rationalistes des années 1960 qui reliaient expertise industrielle et intérêts économiques. Sans doute, la transformation des profils sociologiques des animateurs de l'AFIS (dont beaucoup endossent eux-mêmes, par leur métier, la figure de l'expert) joue pour beaucoup dans l'essor de ce type de définition de la science, englobant pêle-mêle recherche fondamentale et expertise. Plusieurs travaux récents en sciences sociales amènent à distinguer plus précisément expertise et résultats scientifiques.
L'expertise est déjà sûrement une projection dans l'espace de la décision politique en ce qu'elle met en avant des références à des modèles de décision ou des valeurs limites d'exposition. Elle valorise des pans de la recherche académique (une partie de la toxicologie industrielle notamment) au détriment d'autres disciplines. Cette nouvelle façon d'aborder ce que serait le rôle de l'AFIS tend à mettre en avant les bienfaits potentiels qui pourraient être tirés de l'application industrielle des nouvelles technologies. Cette évolution attise ainsi rapidement des divisions au sein du comité. Certains amateurs éclairés, souvent autodidactes sur les questions scientifiques et qui avaient spontanément proposé leur soutien à la revue à l'époque où Michel Rouzé tenait seul les rênes, se trouvent en décalage avec la promotion sans retenue d'une nouvelle ligne éditoriale.
L’AFIS ne va pas rester longtemps ce lieu neutre regroupant toutes les tendances rationalistes. (p. 205-207)

Tensions et départs d'une partie des amateurs éclairés

Dans un double mouvement, la lutte contre la voyance devient secondaire, alors que la défense des nouveaux fronts industriels ouverts par les avancées des découvertes génétiques ou technologiques s'avère indiscutable.
Dans la revue Science et pseudo-sciences, la ligne « Tubiana/Refus du réel » s'étend désormais à bien d'autres sujets que le nucléaire. Certains doutes soulevés par des citoyens face au développement commercial de certaines technologies se trouvent assimilés à des positions quasi ésotériques. Nombre de questions portées par les mouvements écologistes sont présentées comme purement et simplement « irrationnelles». Henri Manguy (ingénieur du son à TF1 et membre du comité de rédaction depuis plusieurs années) avait régulièrement porté la contradiction dans les colonnes du bulletin, mais ne se retrouve plus dans cette façon de poser les problèmes. Après plusieurs passes d'armes internes et après avoir notamment écrit un article pour défendre le principe de précaution, il finit par quitter l'association en mai 2002:
« Avec Michel Rouzé, il n'était pas du tout opposé à ce que je fasse ça. Il n'était pas du tout opposé à l'écologie en général, aux idées écologistes. Par contre, ce qu'il s'est passé par la suite, l'équipe qui a pris le relais, c'est pour ça que je suis parti parce que je trouvais que l'aspect « lutte contre les pseudo-sciences » passait un petit peu... enfin ne passait pas en dessous mais il y avait un côté anti-écologiste qu'il ny avait pas avant. [...] Il y a eu un changement de ligne éditoriale. Un changement pas brut, mais voilà. Moi, ma position dans l'AFIS c'était lutter contre les pseudo-sciences mais je n'étais pas non plus scientiste alors qu'il m'a semblé que cela devenait scientiste. C'est-à-dire qu'on ne pouvait plus critiquer la science ou critiquer tel ou tel aspect de la technoscience, tout ça. On ne pouvait plus. C'était interdit. »

Le départ de Jacques Poustis (…) est tout aussi emblématique du tournant pris par la nouvelle rédaction de l'AFIS au début des années 2000. Militant rationaliste depuis de longues années, Poustis n'est pas hostile à la vaccination.
Mais il s'estime lui-même victime des adjuvants en aluminium désormais utilisés pour les vaccins de l'hépatite B. Il dit souffrir des suites d'une myofasciite à macrophages. Il tente de relayer au sein de l'AFIS les débats naissants autour des adjuvants aux vaccins en s'appuyant sur les études de l'INSERM de Romain Gherardi et François-Jérôme Autier. Le conseil d'administration de l'AFIS lui oppose une fin de non-recevoir et ouvre à l'inverse les colonnes de la revue de l'AFIS au professeur Pierre Bégué de l'Académie de médecine:
« A la mort de Rouzé, Krivine a pris le relais. Il y a toujours dans cette équipe un référent pour tout ce qui est médecine, pour eux c'est le docteur Bégué qui est à l'Académie de médecine. [...] Et quand j'ai eu mes problèmes avec mon vaccin hépatite B, il y a eu une réaction du professeur Bégué qui a été contacté par quelqu'un de l'équipe de l'époque qui a dit « mais non, il n'y a aucun problème avec l'aluminium ». Alors on ne s'est plus trop entendus à compter de cette époque, car moi j'avais d'autres points de vue, notamment deux professeurs de l'INSERM Créteil qui travaillaient depuis quelques années sur ce problème vaccinal. Eux ont pris ces travaux de l'INSERM comme des travaux anti-vaccination. Mais ce n'était pas du tout ça. [...] Cela ma fait chier quand ils ont commencé à parler de ça à l'AFIS. E3M [Entraide aux malades de la myofasciite à macrophages] veut revenir au phosphate de calcium qui existait jusqu'en 1985 quand Sanofi a racheté Meirieux. L'aluminium coûtait beaucoup moins cher comme adjuvant au vaccin. Nous, on se bat juste pour le retour au phosphate de calcium qui ne posait pas de problème. Donc j'ai claqué la porte de l’AFIS. Alors là, j'ai commencé à m'apercevoir que l'on pouvait être rationaliste intégriste. La position de l'AFIS maintenant c'était de dire ce que dit Bégué: « Les vaccins c'est un pourcentage risque/avantage et il faut accepter les risques. » Oui mais il y avait un autre adjuvant qui ne posait aucun problème avant! Il est pourtant dit noir sur blanc que l'association E3M n'est pas anti-vaccin mais veut simplement revenir au phosphate de calcium. Moi, je regrette car il y avait des gens que j'aimais beaucoup mais d'autres que je trouvais sectaires et ils ont des référents qui ont pignon sur rue. J'ai démissionné et j'ai quitté la revue. »

Le changement éditorial ne provoque pas seulement un malaise dans le petit groupe des lecteurs assidus agrégés par Rouzé au fil des ans. Certains noms de la médecine commencent aussi à douter des raisons sous-jacentes à l'affirmation soudaine de cette ligne systématiquement favorable aux applications industrielles des découvertes scientifiques.
C'est le cas notamment de Marcel-Francis Kahn, membre du comité de parrainage de la revue, qui a un premier accrochage avec le comité de rédaction à l'occasion de la publication d'un article peu critique sur les dangers causés par les petites radiations et rédigé sur la base d'un rapport de l'Académie de médecine coordonné par Maurice Tubiana et André Aurengo [en 2005]. Kahn estime malhonnête la défense d'une position qui ne tient pas compte des découvertes les plus récentes en matière d'exposition aux radiations. La rupture définitive survient quelque temps plus tard, après un colloque sur les OGM :
« Il y avait eu cet article et moi, je leur avais écrit en leur disant que ce rapport avait été écrit par Tubiana et je leur ai raconté cette histoire que je viens de vous raconter. Ils m'ont répondu qu'ils ne pouvaient pas prendre ma lettre car je citais un nom propre. Alors je leur ai répondu quand vous attaquez les gens du Criirad ou d'autres, ça ne vous gêne pas de prononcer un nom propre et c'est là que j'ai commencé à m'éloigner de l'AFIS. [...] Dans cette histoire de l'Académie de médecine ils montraient qu'ils avaient un respect des institutions et des trucs officiels. [...] Je sais bien qu'ils respectent les corps constitués. Mais il y avait quand même un virage très net de leur défense de tout ce qui touchait les OGM. Et là je me suis dit quand on se met à défendre...
Ils ont même organisé une séance complète au Sénat ! »

Ancien des maquis vietnamiens dans lesquels il a combattu aux côtés de Jean-Michel Krivine, Marcel-Francis Kahn explique en entretien avoir toujours eu une « dent contre Monsanto», en raison de l'agent orange. Il trouve l'étude de Gilles-Éric Séralini faible sur le plan scientifique, car il considère notamment que les rats utilisés pour l'étude ne sont pas standards ou que les présentations des résultats ne respectent pas tous les attendus scientifiques. Cependant, il s'étonne du caractère immédiat et violent de la réaction du bureau de l'AFIS dès la publication de l'article incriminé. Après plusieurs publications univoques sur les OGM, il demande sur-le-champ aux membres du conseil d'administration de l'AFIS de publier leurs conflits d'intérêts comme c'est la coutume dans le champ scientifique désormais :
« Ils m'ont reproché d'avoir dit et écrit que [Louis-Marie] Houdebine et [Marcel] Kuntz étaient payés. Mais je n'ai jamais dit ça. Je demandais qu'ils donnent leurs conflits d'intérêts. [...] La demande de publication des conflits d'intérêts, maintenant plus personne ne s'étonne de ça. Y compris dans les livres, les revues, on mentionne les conflits d'intérêts, donc quand je leur ai demandé de publier leurs conflits d'intérêts, ils ont fait comme si c'était insultant. [...] Pourtant, ils ont des brevets dans lesquels ils ont été subventionnés. Ils ont dit «ça, c'est tout à fait différent ». »

La place manque ici pour entrer dans le détail de chacune de ces polémiques internes à l'AFIS, d'autant plus qu'elles débordent de la séquence historique que s'est donnée cet ouvrage. Elles ont bien souvent pour point commun une tension née du rapport de certains militants aux applications commerciales des découvertes scientifiques. Par leurs formations (plus ouvertes au privé qu'auparavant), par la promotion de la figure de l'entrepreneur scientifique et de l'évolution des frontières entre public et privé, une nouvelle génération de militants a un lien tout autre à l'expertise privée ou au développement de nouvelles technologies. Or, ce sont ces derniers qui animent désormais la structure. Si des portes claquent à l'AFIS, cela marque donc surtout une transition entre deux modèles. Les adhésions restent modestes, mais se stabilisent, puis progressent légèrement. L'association compte 272 adhérents en 2003 (contre 166 en 2001) et près de 800 abonnés aux Cahiers (contre 565 en 1999). Des bénévoles (essentiellement des ingénieurs ou des enseignants du secondaire) continuent d'animer au quotidien le comité de rédaction, tandis qu'un comité d'honneur composé de noms d'universitaires prestigieux apporte toujours un capital symbolique scientifique aux publications de l'association. Auréolé par l'affaire Sokal, Jean Bricmont est nommé président d'honneur en 2001, et « Science et pseudo-sciences » délaisse sa couverture monochrome pour une couverture en couleur. Un site internet est lancé qui passe entre 2002 et 2008 de 120 à près de 1 200 visiteurs par jour. Le site s'inscrit résolument dans la nouvelle ligne de la revue et traite aussi largement des questions liées aux innovations industrielles et aux nouvelles technologies. À compter de 2006, Michel Naud devient le nouveau président de l'AFIS. Ce centralien, dirigeant d'une fonderie, était membre de l'UR au moins depuis 1992 et, depuis 1996, président de l'UR Loire-Atlantique. II crée également une antenne nantaise de l'AFIS (l'ANAIS, qui prendra régulièrement position contre les arrachages locaux d'OGM ou contre un moratoire OGM). Louis-Marie Houdebine rejoint ce petit groupe.

Ce directeur de recherche à l'Institut national de la recherche agronomique (INRA) devient membre du conseil scientifique de l'AFIS. Il est par ailleurs le cofondateur et administrateur d'une start-up appelée Bioprotein Technologies SA se proposant de mener des expérimentations transgéniques sur des animaux. La structure actionnariale de la firme comprend alors comme actionnaire Vincent Bamberger, un haut cadre de l'entreprise de conseil Arthur D. Little, Claude Allary de la société de conseil Biohonest, François Deneux, Marc Le Bozec, etc. Dans les pages informations de certains numéros de la revue (notamment le numéro hors-série de 2007 sur les OGM), on retrouve ainsi des articles annonçant l'avancée des recherches de cette firme sans que soit mentionné en dessous de l'article un éventuel lien entre cette société et un membre du conseil scientifique de l'AFIS :
« Les zététiciens étaient frileux, voire hostiles à ces sujets en disant «Ah! les OGM, on ne sait pas». Une approche qui était de dire « nous entre science et pseudo-sciences on ne sait pas, on est agnostique et on va regarder les deux». Et pour nous, on ne pouvait pas avoir un agnoticisme comme ça. Ce qui fait que le projet qui était de rapprocher un peu les deux ne s'est pas fait. [...] On a une orientation, une ligne directrice qui est sans complaisance sur tout un certain nombre de choses, à l'Union rationaliste, enfin à Raison présente on va trouver des tas de choses sur les OGM, on va nous dire des fois c'est peut-être dangereux, sur la psychanalyse, etc. »

Sur le climat également, l'AFIS a des positions très ambivalentes. Dans son numéro 280 de janvier 2008, elle ouvre ses colonnes à Charles Muller, qui tient alors un site internet intitulé « climat-sceptique». Celui-ci introduit en français ce concept de climato-scepticisme. Devenu aujourd'hui courant, peu de gens ont noté que le terme «scepticisme» est donc véritablement à prendre au premier sens historique du terme, il renvoie au courant sceptique. L'article défend l'idée que, dans les variations climatiques du moment, il est difficile de déterminer la part qui revient au dioxyde de carbone et donc à la pollution et la part « naturelle». Les scientifiques selon Muller disent que l'on ne peut que mal identifier le «bruit de fond» de variabilité naturelle qui entoure le climat. On retrouve aussi cette référence au scepticisme en matière de climat avec l'invitation par l'antenne nantaise de l'AFIS, le 2 décembre 2008, du professeur Maxence Revault d'Allonnes, descendant d'Ernest Renan et qui donne une conférence intitulée « Les effets de la rotation de la terre sur le climat ». Plusieurs militants sont aussi proches de la mouvance libérale voire libertarienne comme Peggy Sastre (membre un temps du conseil d'administration) ou Jean-Paul Oury (proche de l'institut Turgot et candidat pour Alternative libérale aux élections locales).

Le noyau dur qui anime réellement l'association reste - comme souvent dans le monde associatif - très réduit. L'association bénéficie néanmoins du soutien de plus en plus présent de la Libre Pensée (représentée par Roger Lepeix et des militants proches de la mouvance OCI mais aussi, jusqu'en 2008-2009, par les militants de l'ADLPF via Antoine Thivel). Les évolutions qui ont ainsi secoué l'AFIS en interne ont pourtant débouché sur un nouveau point d'équilibre. L'AFIS a vu sa ligne éditoriale s'homogénéiser beaucoup plus fortement et a délaissé en grande partie la réflexion sur la responsabilité sociale du savant ou même la laïcité. Confrontée à des évolutions identiques, l'UR, dans ce contexte de divisions potentielles, est en revanche entrée durablement en crise. (p. 207-213)
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