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dimanche 3 septembre 2006

Éléments d'analyse du réseau social de Michel Gondry

Suite àla question de Sébastien, me voilàplongé dans le logiciel de statistiques R et son paquet igraph... Ce que voulait connaître Seb, c'était en fait le nombre d'arcs du minimum spanning tree (voir figure ci-dessous) : il y en a 10, c'est àdire qu'il faut compter 10 "chaînons pour que tout le monde se rencontre".

Alors que dans le graphe original, il y a 19 arcs entre les différents sommets (voir ci-dessous).

Autres éléments : Kirsten Dunst (sommet numéro 6) est àla fois celle qui est connectée au plus de monde àtravers son réseau de degré 1 (mesure du betweenness) et a le plus de connections directes (mesure du degree), àégalité avec Sofia Coppola (sommet numéro 10). Sofia Coppola qui est aussi la plus centrale (mesure de la closeness) (plus d'infos pour la significations de tout cela sur Wikipédia).

Bref, ce serait plutôt "Le petit monde de Kirsten Dunst et Sofia Coppola", en fait !! Merci aux mathématiques qui nous l'apprennent !!

vendredi 25 août 2006

Les définitions en science

Le récent débat sur le statut de Pluton a poussé les astronomes àproposer une nouvelle définition de "planète", pour laquelle un consensus s'est dégagé ; d'où cet ultime rebondissement : Pluton n'est plus une planète.

Ceci nous amène àréfléchir àl'importance des définitions en science ; un autre exemple nous vient àl'esprit avec la définition du "gène", toujours mouvante. Sans vouloir être relativiste, on se souviendra aussi de cette thèse selon laquelle les virus n'existent pas dans la nature puisqu'ils ne sont qu'une catégorie créée artificiellement par l'homme, une nomenclature bien simpliste.

Pour aller plus loin, je vous livre cet extrait du Livre des damnés (chap. 1) de Charles Fort (traduit par votre serviteur), qui interpelle forcément par sa position excessive, son style très sec et sa ponctuation déroutante :

Toutes les sciences démarrent par des tentatives de définition. Rien n'a jamais été défini. Parce qu'il n'y a rien àdéfinir. Darwin a écrit L'Origine des espèce. Il n'a jamais été capable de dire ce qu'il entendait par "espèce". C'est impossible àdéfinir. Rien n'a finalement jamais été découvert. Parce qu'il n'y a finalement rien àdécouvrir. C'est comme chercher une aiguille que personne n'a jamais perdu dans une botte de foin qui n'a jamais existé --- Mais que toutes les tentatives scientifiques pour vraiment découvrir quelque chose, alors qu'il n'y a vraiment rien àdécouvrir, sont des tentatives, elle-même, d'être vraiment quelque chose. Un chercheur de Vérité. Il ne la trouvera jamais. Mais la plus mince des possibilités --- il pourrait lui-même devenir Vérité. Ou que la science est plus qu'une enquête: C'est une pseudo-construction, ou une quasi-organisation: c'est une tentative de s'évader et établir localement l'harmonie, la stabilité, l'équilibre, la constance, la réalité. La plus mince des possibilités -- que cela puisse réussir.

Charles Fort était une sorte de précurseur de la cryptozoologie. Un jour, je parlerai ici de la nouvelle série américaine àsuccès sur le sujet, Surface !!

vendredi 2 juin 2006

Content !

Première publication d'importance ce mois-ci dans La Recherche, numéro 398. Youpi !

C'est d'abord une satisfaction personnelle de penser que la cartographie de brevets (ou "patent mapping") peut intéresser des lecteurs curieux et que j'ai peut être réussi àrendre le sujet attrayant. C'est aussi une expérience intéressante d'écriture pour un public très varié, et la collaboration avec le journaliste scientifique responsable de la rubrique m'a appris àrelativiser la rigueur et l'aridité scientifiques pour se mettre àla portée de tous !!

En conclusion : achetez (5,90 €, disponible en kiosque) et lisez, vous saurez àquoi je passe mes journées !! ;-)

mardi 3 janvier 2006

Enro, scientifique et citoyen

"Enro, scientifique et citoyen" est le titre de mon nouveau blog, sur une idée qui me trottait depuis longtemps en tête. Je constate avec tristesse qu'il est de plus en plus fréquent d'entendre des discours scientifiques biaisés, faux ou approximatifs de la part des journalistes ou de nos concitoyens. Pourtant, notre société s'engage vers une "démocratie scientifique" où les citoyens revendiquent d'être partie prenante des décisions techno-économique et scientifiques de nos gouvernements et institutions. Aussi, comment être rassuré par cet avenir quand les carrières scientifiques sont de plus en plus dépréciées, les connaissances fondamentales réduites et les rôles entre le journaliste, le militant, le consommateur et le citoyen confondus ? Bref, j'ai voulu m'engager, et je le fais àtravers ce blog. C'est aussi un moyen de m'amener àfouiller un sujet qui m'intéresse de plus en plus : les relations entre science et société.

Evidemment, je vous invite tous àle visiter autant que le blog présent et àle faire connaître àvotre entourage. Je compte sur vous et votre fidèle audimat, en 2006 comme en 2005 !

jeudi 29 décembre 2005

Des protéines en musique, bis

J'ai déjàévoqué ma perplexité face àl'invention — brevetée — du français Sternheimer. Celle-ci consiste àstimuler la production protéique chez des animaux et végétaux en diffusant une musique dont la partition reproduit la séquence d'acides aminés voulue (si si !!). Or voilàque cette invention revient sur le devant de la scène, d'une façon plutôt étonnante : elle sert de support àla nouvelle "La Ferme enchantée" de Jonas Lenn dans le recueil Moissons futures.

Le principe de ce recueil est de laisser des écrivains de science-fiction envisager le futur de notre agriculture, àl'horizon 2050. Pour cela, ils sont aidés d'ingénieurs et chercheurs en agronomie. Ainsi, Jonas Lenn s'appuie sur l'invention de Sternheimer (soutenue par Jean-Marie Pelt) pour imaginer une agriculture proche de la nature, débarassée des pesticides et engrais, dont le seul chant de certains oiseaux choisi avec soin permet d'optimiser la récolte. Une mise en scène poétique et rêveuse de cette "invention" dont le futur nous est pour l'instant inconnu...

jeudi 22 décembre 2005

Sables mouvants

Owen s'était fixé comme but, en 2005, d'avoir son nom dans la revue Nature. Pour cela, il a notamment écrit àdeux reprises au courrier des lecteurs, sans succès. De mon côté, j'avais plus modestement visé La Recherche et me voici, ô joie, dans le numéro 393 de janvier 2006 que les abonnés ont déjàreçu.

Ce courrier publié par La Recherche s'appuie sur un travail mené en prépa avec mes camarades Pierre et Gaëtan — qu'ils en soient ici remerciés — et remet quelques pendules àl'heure sur un sujet qui nous a passionnés pendant un an : les sables mouvants.

Étienne Guyon a raison de s'étonner que "des sujets aussi connus [que les sables mouvants soient] aussi peu compris scientifiquement" (La Recherche de décembre 2005 n°392, p. 11). Faisant le même constat, nous avons mené en 2002 avec deux collègues — au cours de notre cursus en classes préparatoires — une étude prenant comme point de départ les sables mouvants observés au Bec d'Allier, confluence de la Loire et de l'Allier. Ceux-ci ne contiennent aucune argile et leur comportement s'explique par l'existence de courants ascendants traversant le banc de sable et annulant les forces de cohésion entre les grains. Ainsi, il ne faut pas faire l'erreur d'Étienne Guyon et des auteurs de l'article original, Khaldoun et al., d'assimiler tous les sables mouvants au "type argileux" qu'ils ont étudié et dont le comportement s'explique par la combinaison du caractère thixotrope des argiles et du sel dissout dans l'eau, que l'on observe par exemple dans la tangue de la baie du Mont St-Michel. Il existe aussi les sables mouvants humides traversés par des courants d'eau décrits plus haut ou encore les sables mouvants secs et lacunaires du désert qui peuvent s'affaisser sous une pression suffisante et ceux causés par la liquéfaction des sols consécutive àun séisme et au déplacement de l'onde de pression correspondante.

vendredi 8 juillet 2005

Portait d'une naïve

Depuis deux ans et demi, je côtoie Bénédicte. Bénédicte a 23 ans, elle est jeune et pleine d'avenir. Mais Bénédicte est naïve.

Après son bac, elle a voulu faire deux ans de classes préparatoires, parce que c'était évident d'accord, mais aussi parce qu'elle était attirée par la science, cette muse exigeante et ingrate. En l'occurrence, c'était plutôt la biologie ; va pour une prépa BCPST. Et comme Bénédicte habite en région parisienne, elle s'est simplement inscrite dans un des lycées de la région, qui se trouve être relativement renommé, le lycée Hoche de Versailles. Là, elle a fait l'expérience d'études difficiles mais aussi d'émotions fortes, d'amitiés durables et de défis intellectuels.

Au bout de ces deux années, Bénédicte a passé des concours qu'elle a, ma foi, plutôt réussis puisqu'elle est rentrée dans la botte àl'INA P-G, grande école formant des ingénieurs agronomes.

A l'Agro, elle a appris le sens de valeurs comme l'amitié, le partage mais aussi la fête. Car la scolarité àl'Agro est toujours une fête. Pendant ce temps, son parcours professionnel se dessinait dans sa tête et ses ambitions se précisaient : Bénédicte ne s'arrêterait pas làet entreprendrait une thèse après obtention de son diplôme d'ingénieur. Et, de stage de recherche sur les champignons en stage de recherche sur les ovocytes de souris, elle se formait àla paillasse. A chaque fois, elle est payée des clopinettes ; mais l'État a investi dans Bénédicte et Bénédicte essaye de le lui rendre. Elle part même acquérir de l'expérience àl'étranger pendant 3 mois car, lui dit-on, c'est une condition sine qua non pour faire sa trace en France. Au fur et àmesure, son amour pour la recherche en biologie se confirme.

En troisième année de l'Agro, Bénédicte fait un master en sciences du végétal. Elle apprend par cœur des schémas de régulations cellulaires mais surtout se coule dans le moule de la recherche scientifique et fait sienne sa méthode.

Enfin, elle se met àla recherche d'une thèse. Parce qu'en France les doctorants sont très soudés (parce que très mésestimés), elle profite des outils mis àsa disposition comme l'association Bernard Grégory. Deux envies guident sa recherche : voulant mettre en valeur son diplôme d'ingénieur et le valoriser, elle aimerait une thèse en co-tutelle privé/public ; empreinte de l'esprit de l'ingénieur agronome, elle aimerait rendre sa thèse utile (entendre directement utile).

Elle se décide sans faillir pour une thèse dans un laboratoire mixte entre le CNRS et une entreprise pharmaceutique française travaillant sur la division cellulaire, sujet s'inscrivant dans la recherche contre le cancer.

Réalisant l'alliance des fonds public et privé — ce que tous les gouvernements s'efforcent de promouvoir, participant àl'innovation d'une entreprise française dans un secteur hautement concurrentiel et critique pour l'avenir, contribuant àla recherche contre le cancer reconnue comme priorité nationale par la France, Bénédicte voit làune conclusion parfaite àson parcours étudiant.

Mais Bénédicte est naïve. On lui apprend que le CNRS a mis son dossier sur liste complémentaire. Sur liste d'attente.

Car tout ce que l'on a promis ànotre génération n'est que du vent. Tout ce que la France a fait pour nous, tout ce qu'elle a investi dans nos études mondialement reconnues pour leur qualité, elle ne sait pas en tirer les bénéfices le moment venu. Quand vient notre tour de rembourser notre dette, notre tour de tirer vers le haut la compétitivité française, nada. Quand les occasions se présentent de faire de la France un pays dynamique et moteur, notre pays se prend les pieds dans le tapis.

Alors quoi ? Alors c'est l'expatriation. Alors c'est le pis aller. Ou alors c'est le combat comme le mouvement des chercheurs français, le lobbying des ingénieurs et des entrepreneurs pour bouger notre pays et de le sortir de son immobilisme. Gloire leur soit rendue...

En attendant, Bénédicte, elle, jure qu'on ne l'y reprendra plus. Elle ne croira pas que son pays recevra les bras ouverts tout ce qu'elle voudra faire pour lui. Elle ne sera plus naïve une seconde fois.

Mise àjour 13/07 : évidemment, la région et les partenaires en question viennent de recevoir le label Pôle de compétitivité dans les domaines de la santé et la recherche contre le cancer ; et l'un des objectifs de ces pôles est d'engager "la recherche publique dans des programmes favorisant les partenariats entre laboratoires publics et laboratoires d’entreprises, contribuant aux transferts technologiques des résultats de la recherche publique vers le monde économique". Quel gâchis et manque de cohérence... Mais bon, on ne s'en étonne même plus !

vendredi 17 juin 2005

Baraminologie et créationnisme

Dans l'arbre du vivant, on connaissait les holothurides, les monotrèmes ou encore les polychètes. Mais voilàque maintenant il faudrait faire avec les holobaramins, les monobaramins, les apobaramins et les polybaramins. Est-ce une nouvelle percée de la phylogénie ? Non, une extravagance de plus des créationnistes. Et ça fait sacrément peur !!

Certes, le créationnisme n'est pas nouveau et on sait les ravages qu'il cause dans l'éducation américaine où il s'impose petit àpetit comme une alternative égale àla théorie de l'évolution (Phersu s'en fait l'écho régulièrement). Mais moi qui ai toujours pensé que la liberté d'expression est la plus importante des libertés, je regardais ceci de loin, circonspect mais pas forcément choqué.

Or voilàque désormais, comme l'affirme Daniel Kaplan :

De site en blogs, se répondant les uns aux autres, les créationnistes ont constitué un univers de communication autonome, accessible, qui présente toutes les apparences du sérieux. Plus, en faisant preuve d’énergie et de subtilité, ils parviennent sans trop de mal àcoloniser certains lieux d’échange et de construction collective. Dans sa version anglaise, Wikipedia, dont la synthèse d’Arnaud Klein et Jean-Michel Cornu analyse les modes collectifs de fonctionnement et de validation, n’échappe pas totalement àcet “entrisme". On y compte pas moins de quatre entrées sur l’évolutionnisme, l’évolution, le créationnisme et la “controverse création-évolution”, dont plusieurs sont des modèles d’équilibre et de “neutralité” qui, en présentant de fait la théorie de l’évolution et sa négation àparité, doivent réjouir les militants de l’Intelligent Design. Bien malin qui saura, après lecture, démêler le vrai du faux, la démonstration scientifique de la croyance religieuse.

jeudi 2 juin 2005

Des protéines en musique...

Ce qu'il y a de bien quand on travaille dans les brevets, c'est que l'on peut tomber sur des inventions géniales, des idées stupides ou parfois des inventions farfelues mais qui laissent rêveur... C'est le cas de ce brevet déposé par un français en 1992.

L'idée principale est de convertir la séquence d'acides aminés d'une protéine en partition musicale ; les équivalences sont Gly = la grave; Ala = do; Ser = mi; Pro, Val, Thr, Cys = fa; Leu, Ile, Asn, Asp = sol; Gln, Lys, Glu, Met, = la; His = si bémol; Phe = si (ainsi que SeC); Arg, Tyr = do;Trp = ré aigu. Mais l'idée est étendu aux couleurs, que l'on peut également associer chacune àun acide aminé. Un exemple d'application ? En faisant écouter aux vaches pendant 15 jours la transposition musicale de la prolactine l'inventeur a observé une diminution d'un facteur 3 de la quantité relative de petit lait, résultant en un lait fortement enrichi en protéines et un fromage en conséquence particulièrement savoureux !!

Or en lisant la description du brevet, le langage abscon laisse pantois et ferme autant de portes qu'il en ouvre :

[Le procédé décrit] consiste àutiliser l'action régulatrice, par résonance d'échelle, sur la biosynthèse des protéines, des transpositions sonores de séquenses temporelles de vibrations quantiques associées àleur élongation. Cette action peut être soit une augmentation du taux de cette synthèse, en même temps qu'une régularisation de son rythme, soit une diminution de ce taux, suivant que la modulation des fréquences des vibrations utilisées est en phase ou en opposition de phase avec cette élongation (ceci étant vrai aussi bien pour les vibrations quantiques que pour leurs transpositions sonores). Le résultat obtenu est outre stabilisé par l'action, toujours par résonance d'échelle, de transpositions lumineuses (colorées) des gropements de vibrations quantiques découlant de la conformation spatiale des protéines issues de cette élongation.