La science, la cité

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Les Académiciens discutent de l'accès libre

Hourrah, nos (vieux) Académiciens des sciences se préoccupent des nouveaux enjeux de l'édition scientifique, notamment l'accès libre (open access), et mettent en ligne les vidéos du colloque consacrées à  ce sujet ! Quelques remarques, à  lire en sus du compte-rendu d'Affordance.

Un débat intéressant : la place du facteur d'impact dans l'évaluation des chercheurs. Pierre Joliot s'est ému (1'53'') de ce qu'un indicateur quantitatif si mécanique puisse dire s'il est un bon ou mauvais chercheur, sachant d'expérience que ce qu'il (et Etienne Joly, un autre intervenant) considère comme ses meilleurs articles sont finalement les moins cités. Deux réponses à  cela :

  • le facteur d'impact n'a jamais été un indicateur de qualité mais bien de visibilité : plus vous êtes cité, plus vous êtes visible et vice-versa (notamment parce qu'on peut être cité pour de bonnes ou mauvaises raisons) ;
  • si le facteur d'impact ne peut juger de la qualité d'un article, si même aucun indicateur quantitatif ne le peut, un Homme le peut-il ? Ce que Joliot considère comme ses meilleurs articles sont les plus originaux, explique-t-il. Les plus novateurs. Un pair (disons quelqu'un qui évaluerait le travail de Joliot ou son équipe pour le compte du CNRS) qui passerait en revue la bibliographie de Joliot s'arrêterait-il sur cette poignée d'articles encore incompris ou bien considèrerait-il que les autres sont les plus marquants ? Je penche pour la deuxième solution, ce qui me fait dire que malgré son imperfection, l'analyse des citations (quand elle est bien menée et interprétée) ne fait que reproduire le comportement d'évaluation des chercheurs. Logique, puisque c'est finalement ce qu'ils font tous les jours quand ils décident de citer un tel ou un tel !

En fait, si la qualité perçue par les pairs est empiriquement corrélée au nombre de citations reçues, celui-ci est bien plus significativement corrélé à  la faible créativité — c'est à  dire que les articles ne rentrant pas dans les cadres conceptuels existants ou dans les normes sociales en cours dans un domaine académique[1] sont moins cités. Peut-être justement, expliquent les auteurs de ce travail, parce qu'ils sont moins utilisés, et donc moins visibles rajouterais-je.

Un autre débat intéressant : comment suivre le volume exponentiel de littérature produit ? Le représentant de PLoS met en avant les capacités présentes ou à  venir de la fouille de texte et de données, notamment sur la base Pubmed Medline. Etienne Joly, lui, conseille l'utilisation d'outils comme Faculty of 1000 ou les alertes de citations fournies par Thomson/ISI. Autant de services payants… Pas un mot sur le web 2.0 et l'intelligence collective — gratuite — façon suivi des articles les plus populaires sur CiteULike par domaine ou des articles les plus blogués sur Postgenomic. Des outils à  améliorer, certes, mais déjà  utiles !

Enfin, une information importante que j'ignorais (10' 47'') : à  partir de 2008-2009, le dépôt des publications dans l'archives en accès libre HAL sera rendu "indirectement obligatoire" par l'INSERM. En fait, cela signifie que, dès cette date, ne seront regardés pour la création des unités que les articles qui y sont déposés. On peut imaginer en effet le temps gagné lors de l'évaluation des chercheurs si les publications sont toutes regroupées au même endroit et librement accessibles ! Décidément, on n'aura de cesse de trouver des avantages à  l'accès libre aux résultats de la recherche (que ce soit l'auto-archivage par les auteurs ou les revues en accès libre)…

Notes

[1] W. R. Shadish, D. Tolliver, M. Gray et S. K. Sen Gupta (1995), "Author judgments about works they cite: Three studies from psychology journals", Social Studies of Science, 25: 477-498 (DOI)

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Et les maths ?

Selon Francis Rumpf[1], les revues Nature et Science publient des articles dans tous les domaines de la recherche fondamentale à  l'exclusion des mathématiques.

Pourquoi pas les mathématiques ? Autant le titre de la revue Nature peut expliquer un contenu orienté vers les sciences naturelles (en gros : biologie, physique, chimie), autant la revue Science semble sans restrictions (et couvre en effet un éventail assez large de disciplines). Pourquoi donc ne pas publier d'articles de mathématiques ? On pourrait penser que cette discipline fonctionne différemment et pourtant, la communication des résultats se fait de la même façon par des revues scientifiques.

Dans leurs instructions aux auteurs, les deux revues ne formulent aucune restriction de ce genre. Nature demande juste que les articles soient originaux, extrêmement importants et puissent intéresser un lectorat interdisciplinaire. Alors, pourquoi pas les mathématiques ?

Si vous avez une hypothèse (ou une explication avérée), j'aimerais la lire. D'avance, merci !

Notes

[1] Francis Rumpf (1994), "Panorama de l'édition scientifique" in Francis Agostini (dir.), Science en bibliothèque, Editions du cercle de la librairie, pp. 163-192

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Comment écrire des articles scientifiques ennuyeux

Il est acquis qu'il y a un monde entre les cahiers de laboratoire, les conversations de couloir et ce que les chercheurs publient finalement dans les articles — ce que Pierre Bourdieu nommait l'"hypocrisie de la littérature formelle"[1]. Faisant ce constat au quotidien, comme le Doc' et d'autres, Kaj Sand-Jensen s'est demandé pourquoi il est difficile — voire impossible — d'écrire un article scientifique sur un autre mode que le style impersonnel et froid, et pourquoi est-ce qu'après tout, la littérature scientifique est si ennuyeuse alors que la science devrait être amusante et attirante[2] ! Il a ainsi déterminé 10 facteurs rendant les articles ennuyeux, qui sont autant de recommandations à  suivre pour être barbant :

  1. se disperser : rien de tel que de longs passages non motivés ou sans différence entre ce qui est important et ce qui ne l'est pas pour dissimuler les idées floues de l'auteur, là  où il devrait se concentrer sur un petit nombre d'hypothèses claires ;
  2. être banal : publier des expériences et observations qui ont déjà  été faites cent fois avec le même résultat, sans expliquer les conditions expérimentales et avec à  peine plus d'enthousiasme, merci !
  3. être long : il ne faudrait jamais se laisser inspirer par des articles courts, même quand ils sont écrits par de fameux prix Nobel et publiés dans des revues prestigieuses comme Science ou Nature ! Comme chacun sait, seuls les longs articles permettent de montrer toute la sagesse et la perspicacité dont vous être capable ;
  4. se passer d'implications et de spéculations : si vous voulez vous assurer des années de travail, évitez de tout écrire dans votre article ; ne mentionnez pas ces spéculations gratuites et ces relations avec d'autres domaines d'étude qui risqueraient de vous mettre en concurrence avec des collègues et de rendre l'article attrayant. N'écrivez pas comme Watson et Crick : It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.
  5. se passer d'illustrations, surtout quand elles sont bonnes : les illustrations font en effet plaisir au lecteur et stimulent l'imagination du poète, alors que chacun sait que la littérature scientifique ne doit pas être imaginative. De plus, pourquoi dire avec une image ce que l'on peut dire avec mille mots ?
  6. zapper des étapes nécessaires de son raisonnement : pourquoi faire des efforts pour bien détailler les étapes de son raisonnement afin d'être compris par tous quand, au fond, on s'adresse à  une élite qui comprend très bien les allusions implicites et les passages un peu elliptiques ?
  7. multiplier les abréviations et termes techniques : comme les scientifiques ont sué sang et eau pour apprendre les termes techniques de leur discipline, il est juste qu'ils les utilisent à  leur tour abondamment, éventuellement afin de masquer leur manque de maîtrise du sujet. C'est aussi un excellent moyen d'éviter des découvertes interdisciplinaires — nonobstant un investissement dans des traductions entre les différents jargons ;
  8. supprimer l'humour et le langage fleuri : la science se doit d'être sérieuse et a une réputation à  défendre, donc pas question d'appeler l'espèce de méduse que vous venez d'identifier Lizzia blondina ;
  9. réduire la biodiversité et la nature à  des données statistiques : pas la peine de faire un fromage sur ce bout de forêt qui abrite de nombreuses espèces rares puisqu'on trouve un nombre non significativement différent d'espèces rares dans la forêt voisine. Le but de tout travail en écologie est de tester statistiquement différents modèles — souvent interchangeables, ce qui ne rend l'écriture que plus ennuyeuse ;
  10. citer et citer encore, surtout pour des trivialités : une astuce imparable si, malgré ces conseils, votre article commence à  être intéressant : citez à  tour de bras, même quand c'est inutile, et plutôt deux fois qu'une ! Ainsi, le lecteur est ralenti dans sa lecture, l'information importante lui est cachée et l'article possède deux fois moins de texte Et si vous avez des doutes… citez vous vous-mêmes, peu importe si c'est à  tort ou à  raison !

Notes

[1] P. Bourdieu, Science de la science et réflexivité, Raisons d'agir, 2001, p. 52

[2] K. Sand-Jensen, "How to write consistently boring scientific literature", Oikos, 116(5): 723-727, 2007 doi:10.1111/j.2007.0030-1299.15674.x

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Les citations en science : pourquoi ? Comment ?

Le commentaire de blop demande une réponse détaillée, je m'exécute donc dans un billet à  part... d'autant qu'on reste dans le thème de cette série !

Voici donc ce qu'écrit blop :

Bibliographie (où l'on cite les collègues pour ne pas les fâcher et les rapporteurs pour être bien vu)
Ca c'est du Latour tout craché ! La bibliographie ne servirait qu'à  faire étalage de son réseau et à  se reporter à  d'autres boîtes noires.
Mais ce n'est jamais qu'une partie marginale de la bibliographie. 1 ou 2 articles ajoutés à  la fin pour des raisons "politiques". Mais le gros de la biblio consiste à  replacer la recherche dans un contexte (scientifique, pas amical), à  rendre à  César ce qui appartient à  Jules, à  permettre au lecteur qui veut aller plus loin d'aller plus loin. Parce que si j'écris "17% des titres des articles comportent plus de 30 mots", sans détail ni citation, n'importe quel lecteur DOIT se demander "il le sort d'où ce chiffre ?".

D'abord non, ce n'est pas Latour tout craché mais bien moi qui ai ajouté ce commentaire perfide dans un billet étiqueté "humour". Latour, lui, considère non pas ces raisons bassement politiques mais le fait qu'en citant des résultats antérieurs, un chercheur "consolide sa forteresse", il multiplie les obstacles que doit franchir celui qui cherchera à  le contredire. A l'inverse de Robert Merton qui voit dans les citations un système de récompense envers ses pairs[1], Latour y voit donc d'abord un procédé rhétorique, avec un très fort effet de réel :

La présence ou l'absence de références, de citations et de notes de bas de page est un signe si sûr du sérieux d'un texte que l'on peut en partie transformer un fait en fiction ou une fiction en fait simplement en retranchant ou en ajoutant des références.[2]

En fait, il n'existe pas, à  l'heure actuelle, de "théorie de la citation". Certains comportement nous échappent, surtout qualitativement (pour le quantitatif, on l'a déjà  vu, l'effet Matthieu et l'obsolescence rapide jouent à  plein). Comment expliquer par exemple le choix entre deux références très semblables quand il faut n'en citer qu'une ? Quand est-ce qu'une citation est pertinente et quand est-ce qu'elle ne l'est pas ? Pourquoi seuls 20% des auteurs qui citent un article l'ont lu[3] ? Pourquoi certaines références sont-elles omises, soit parce qu'un résultat ou concept est devenu suffisamment connu (phénomène que l'on nomme "oblitération par incorporation"), soit parce que des raisons personnelles nous y poussent ? Bruno Latour[4] donne l'exemple suivant :

Comme Pierre [Kernowicz] est chez Pincus et publie dans un bon journal, on ne peut se permettre d'utiliser ses travaux sans le citer, ainsi que ses lecteurs auraient pu le faire si l'auteur avait été un Français de France ou un Japonais du Japon.

Bref, comme l'écrit Eugene Garfield[5] (le père du Science Citation Index et de l'analyse de citations) :

I often quoted Lewis Carroll’s "Humpty Dumpty" to express the ambiguous nature of words and citations. When I use a term it means just what I want it to mean - nothing more or less. And so when you use a cited reference (citation), it also means what you want it to mean. A citation is generally more precise than words, but its meaning is ambiguous nevertheless.

Quant aux tentatives de citer pour flatter ou, à  la demande du rédacteur en chef, de citer préférentiellement des articles de la revue (auto-citations), ce sont bien des pratiques qui existent. Un article du Wall Street Journal[6] rapportait en juin 2006 quelques mauvaises pratiques destinées à  augmenter artificiellement le facteur d'impact. Parmi elles, on trouve bien l'auto-citation, comme l'illustre le World Journal of Gastroenterology qui a été exclu du classement de Thomson/ISI parce que 85% des citations de ses articles étaient des auto-citations et que peu d'autres revues le citaient. A l'inverse, on trouve des revues qui font en sorte de citer le moins possible leurs concurrents directs, comme le Journal of Telemedecine and Telecare qui cite moins Telemedecine and e-Health que celui-ci ne le cite.

P.S Ce billet a le plus grand nombre de citations de tous mes billets. Posez-vous la question : qu'est-ce qui a motivé chacune d'entre elles ? Vous verrez que la réponse n'est pas si facile...

Notes

[1] P. Bourdieu, ''Science de la science et réflexivité'', Liber. coll. "Raisons d'agir", 2002

[2] B. Latour, La Science en action, Gallimard coll. "Folio essais", 1995, p. 87

[3] M.V. Simkin et V.P. Roychowdhury, "Read before you cite!", Complex Systems, 14: 269-274, 2003

[4] B. Latour, "Portrait d'un biologiste en capitaliste sauvage", in Petites leçons de sociologie des sciences, La Découverte, 1993, p. 108

[5] E. Garfield, "Random thoughts on citationology: its theory and practice", Scientometrics, 43(1): 69-76, 1998

[6] S. Begley, "Science journals artfully try to boost their rankings", Wall Street Journal, 5 juin 2006

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Articles scientifiques, la loi du genre

Publier des articles, c'est la loi du genre dans la recherche scientifique. A telle enseigne que Bruno Latour[1] s'interrogeait malicieusement :

Premièrement, tous les soirs, des techniciens transportent des piles de documents de la paillasse aux bureaux — documents équivalant, dans une usine, aux rapports sur ce qui a été traité et fabriqué. Au laboratoire, les documents en question constituent le matériel qui est traité et fabriqué. Deuxièmement, les secrétaires postent des articles émanant du laboratoire à  raison d’un en moyenne tous les dix jours. Loin de constituer les rapports de ce qui a été produit dans l’usine, les membres de l’équipe considèrent qu’il s’agit bel et bien des produits de leur usine singulière. Puisque l’on produits des documents sur papier, a-t-on affaire à  un organisme de type administratif ?

Les chercheurs, eux, ne le voient pas forcément du même œil. Ce qui ne les empêche pas d'être fiers quand leur dernier article est publié, surtout si c'est dans la fameuse revue Nature !

©© Guillaume Goyette

Mais la loi du genre est aussi dans la structure des articles en question. Au moins en sciences naturelles, le "canon" est relativement bien établi : Introduction / Matériels et méthodes / Résultats / Discussion / Bibliographie.

En fait, c'est beaucoup plus drôle à  décrire quand on a sous la main la parodie qu'écrivit Georges Perec dans le milieu des années 1980. Perec, non content d'être un immense écrivain, était aussi… documentaliste au CNRS ! C'est dire qu'il en a vu passer des articles scientifiques ! La parodie en question (à  lire en ligne) propose la "Mise en évidence expérimentale d'une organisation tomatotopique chez la soprano (Cantatrix sopranica L.)". Extraits choisis :

  • Introduction (revue de la littérature existante et situation du problème) :
    Les effets frappants du jet de tomates sur les sopranos, observés aux heures ultimes du siècle dernier par Marks et Spencer (1899) qui, les premiers, employèrent le terme de réaction de hurlements (RH), ont été largement décrits dans la littérature. Si de nombreuses études expérimentales (Zeeg & Puss, 1931; Roux & Combaluzier, 1932; Sinon & coll., 1948), anatomopathologique (Hun & Deu, 1960), comparative (Karybb & Szyla, 1973) et prospective (Else & Vire, 1974) ont permis de décrire avec précision ces réponses caractéristiques, les données neuroanatomiques, aussi bien que neurophysiologiques sont, en dépit de leur grand nombre, étonnamment confuses. (…) Nous avons donc décidé d'explorer de manière systématique l'organisation interne croissante ou décroissante de la RH pour tenter d'élaborer un modèle anatomique.
  • Matériels et méthodes (déroulement de l'expérience — largement enjolivé) :
    L'expérimentation a porté sur 107 sopranos de sexe feminin, en bonne santé, pesant entre 94 et 124 kg (moyenne: 101 kg), qui nous ont été fournies par le Conservatoire National de Musique. (…) A aucun moment les animaux n'ont souffert, comme le démontre le fait qu'ils n'aient pas cessé de sourire tout au long de l'expérimentation. (…) Les tomates (Tomato rungisia vulgaris) ont été lancées par un lanceur de tomate automatique (Wait & See, 1972) commandé par un ordinateur de laboratoire polyvalent (DID/92/85/P331), avec traitement des données en série. Les jets répétitifs ont permis d'atteindre 9 projections par seconde, ce qui correspond aux conditions physiologiques rencontrées par les sopranos et les autres chanteuses sur la scène (Tebaldi, 1953). (…) L'analyse statistique des résultats a été réalisée au moyen d'un algorithme inspiré du tennis (Wimbledon, 1974), c'est-a-dire que chaque fois qu'une structure gagnait un jeu, elle était considérée comme étant impliquée dans la RH. Au terme de l'expérimentation, les sopranos ont été perfusées avec de l'huile d'olive et du Glennfidish à  10 %, et mise à  incuber à  42,1°C pendant 47 heures, dans du jus d'orange à  15 %. Des coupes de tissus congelés, non colorées, de 2 cm d'épaisseur ont été montées dans un sorbet à  la fraise et examinées en microscopie à  balayage et à  époussetage.
  • Résultats (avec un tableau de données complètement abscon et de belles figures où l'abscisse est exprimée en unités arbitraires et l'ordonnée en unités internationales) :
    Il est intéressant de noter que si l'hémisphère gauche a été pris en compte pour l'analyse statistique, l'hémisphère droit a été laissé de côté.[2] (…) Les relations temporelles entre ces réponses, illustrées par la figure 3, montrent que l'hypothèse d'une interdigitation en faisceau de sous-réseaux neuronaux est très probable, bien qu'aucune donnée expérimentale ne permette de le confirmer, en raison de la relative difficulté de pénétrer dans ces satanées structures sans détruire tout un tas de choses (Timeo et coll., 1971).
  • Discussion (où l'on nuance ses résultats et on donne du grain à  moudre à  ses doctorants/ses sponsors/ses concurrents) :
    Le fait que de la péroxydase de raifort injectée dans les cordes vocales des sopranos soit transportée de manière rétrograde des dendrites apicales des nefs vagues vers les synapses tomatotomatiques des voies afférentes du psudo-Gasser controlatéral (Mc Hulott et coll., 1975) démontre avec quelque vraisemblance la nature légumineuse du médiateur tresponsable de la transmission du message des territoires réceptifs à  la tomate au circuit de la RTH (Colle et coll., 1973).
  • Bibliographie (où l'on cite les collègues pour ne pas les fâcher et les rapporteurs pour être bien vu) : par exemple,
    Donen, S. & Kelly, G. : Singing in the brain. Los Angeles, M.G.M. Inc. Press. 1956
    Pericoloso, O. & Sporgersi, I. : "Sull'effetti tomestetiche e corticali della stimolazione di leguminose nella Diva". Arch. physiol. Schola Cantor. 37, 1805-1972, 1973.

Notes

[1] Dans La Vie de laboratoire, La Découverte, Paris.

[2] C'est-à -dire, dans la version originale en anglais de l'article : It is of interest to notice that, if the left hemisphere was kept for analysis, the right hemisphere was left.

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