Mot-clé - recherche - La science, la cité

Mot-clé : recherche

25
juil.
2007

La hausse estivale des températures (au moins dans certaines régions) incite à parler de sujets rafraîchissants, comme la recherche polaire (particulièrement en cette année polaire internationale). La recherche en Antarctique est décrite par la romancière Marie Darrieussecq dans White (Gallimard Folio, 2005) avec, on l'imagine, beaucoup de justesse :

Pete Tomson désœuvré se penche sur l'œilleton du carottage. Il ne voit rien, évidemment, puisque l'œil humain ne peut rendre compte d'un boyau long de trois kilomètres et pas plus large que deux mains en cercle, d'un carottage, donc, surtout qu'il y a encore quelques semaines le mot "carotte" n'évoquait pour lui que "légume" et "orange". (…) Comme on approche du but on a abandonné foreuse, rotors et lubrifiants, pas question de polluer l'eau avec du glycol ; on descend une tête chauffante hi-tech, qui fond proprement la glace au bout d'un câble. (…) Les tronçons de carotte sont classés dans un congélateur selon l'ancienneté de la glace : moins mille ans, moins deux mille ans… à mesure qu'on descend on croise les Romains, Cro-Magnon, Lucy — et puis plus personne sans doute, des dinosaures, des algues, des amibes, et puis vraiment plus personne, n'importe quoi, des gaz, de la lave, de l'inimaginable, du truc, rien qui offre une prise… (p. 116)

©© sandwichgirl

Plus prosaïquement, voyons un peu comment se constitue cette recherche. Ma source : un article de scientométrie de 2005 ^[1].

Les pays les plus actifs sur le continent Antarctique, d'après le nombre de publications, sont les Etats-Unis, le Royaume-Uni, l'Australie (qui vient en voisine), l'Allemagne, l'Italie et la France ; tous sont signataires à titre consultatif du Traité sur l'Antarctique (ATS). En fait, tous les membres du top 20 sont des parties consultatives, à l'exception du Canada. Des parties non-consultatives comme le Canada, le Danemark, la Suisse, l'Autriche, la Hongrie et la République tchèque n'en sont pas moins actifs sur le continent. Et même des pays qui n'ont pas ratifié l'ATS comme l'Irlande, Israel ou Taïwan envoyent des chercheurs. Ce qui constitue un total d'environ 4 000 scientifiques !

Malgré la présence de 37 stations de recherche occupées toute l'année, opérées par 20 pays, les collaborations internationales sont de plus en plus fréquentes. Ainsi, en dehors des recherches traditionnelles sur le climat, l'atmosphère ou la faune (notamment en Terre Adélie), la nouvelle station Concordia que partagent la France et l'Italie est idéale pour des observations astronomiques précises. Eric Fossat en avait longuement parlé dans l'émission "Continent sciences" ; il avait notamment expliqué que l'Australie, invitée à titre gracieux à participer à ce programme, est exclue depuis que des chercheurs australiens ont publié des résultats sans remerciement ou co-signature des chercheurs français et italiens... Des chercheurs travaillent également à la détection de neutrinos ou la découverte de météorites !

Allez, quittons-nous sur un autre extrait de Marie Darrieussecq :

C'est une seule longue journée : avec une aube, une aurore : un soleil qui pointe… effectue son cercle… replonge légèrement… se lève un peu plus haut, à chaque tour un peu plus haut… sur une bonne cinquantaine de journées humaines, rose et orange.
Puis il reste accroché : Nord, Est, Sud et Ouest, autour de la calotte blanche. Le ciel est jaune pâle, diffus, bleu dans la hauteur. Ca dure une centaine de journées humaines. Puis la courbe se creusera, à chaque tour plus sinusoïdale, le soleil finira par toucher, par s'enfoncer, par disparaître, et ce sera le crépuscule.
Ensuite, la nuit pour plusieurs mois, pendant qu'il fait jour au pôle Nord. C'est comme ça que ça marche, sur cette planète. (p. 65)

©© zutalegh

Bonnes vacances, rendez-vous en septembre !

Notes

[1] Prabir G. Dastidar et Olle Persson (2005), "Mapping the global structure of Antarctic research vis-à -vis Antarctic Treaty System", Current Science, vol. 89, n° 9, 10 novembre, pp. 1552-1554 (version PDF)

Antoine Blanchard

Nouvelles du front (5)

in Recherche

30
juin
2007

Quelques nouvelles un peu décousues, il y a sûrement des oublis importants que j'essayerai de rattraper lors du prochain opus.

En mai dernier, un éditorial de Nature incitait les chercheurs à partager et ouvrir plus les cahiers de laboratoire à leurs collègues, ce qui est parfois crucial en cas de querelle de priorité ou de fraude. Pour cela, il faut des cahiers bien tenus, compréhensibles, à jour, accessibles, etc., ce que les institutions scientifiques promeuvent déjà largement. Et l'éditorial de conseiller le passage aux cahiers électroniques, pérennes (quoique...), plus automatisés et intercompatibles. Pas mieux. Sauf que je me demande si ce n'est pas moins propice à la prise de note "fulgurante", à la compilation de données de sources hétérogènes et à la sérendipité... Le cahier de labo électronique, aide ou handicap à la recherche et à la découverte ? Voilà un beau sujet de thèse de sociologie des sciences, pour lequel il faudrait lire cet article de Frederic L. Holmes ;-)

A Stanford, une personne aucunement affiliée à l'université et sans raison d'être là assistait depuis 4 ans à des séminaires de physique, utilisait les bureaux réservés aux doctorants et post-docs, avait son propre casier et s'était peut-être même procuré la clé pour accéder aux locaux en dehors des horaires d'ouverture. L'administration refusait d'agir, écoutant les explications d'Elizabeth Okazaki (une SDF ?) qui prétendait être une invitée (visiting scholar) venue des humanités, cherchant à offrir une perspective interdisciplinaire sur la théorie des cordes (en prétendant notamment travailler avec un de ses plus fameux théoriciens, Leonard Susskind). Cette squatteuse, que d'aucuns appellent une "groupie" de la science, a finalement été exclue du campus quelques jours après que l'imposture a été dévoilée par le Stanford Daily !

Et du côté des éditeurs scientifiques :

BioMed Central vient de lancer une nouvelle revue en accès libre : le Journal of Medical Case Reports. Comme son nom l'indique, elle publie des cas médicaux, ce qui comble un manque du côté de la littérature biomédicale. En fait, il semble que cette revue n'aurait pas pu exister dans le "paradigme commercial" de la publication scientifique : en rapportant simplement des cas médicaux isolés, elle s'adresse à une audience de médecins qui publie peu et cite peu à son tour ! Or dans le cas présent, manque de citations (et faible facteur d'impact/viabilité commerciale) ne signifie pas manque d'intérêt…
Nature vient de mettre à disposition des articles qu'il a publié sur le réchauffement climatique, en accès libre, sur un portail dédié : http://www.nature.com/climate (avec d'autres contenus également)
le même Nature lance un nouveau service innovant, Nature Precedings, sous la forme d'un site Internet. Il s'agit d'aider les chercheurs à publier leurs résultats préliminaires en chimie, biomédecine (pas mal de bioinformatique pour l'instant) et sciences de la terre (pour à la fois prendre date et pouvoir être cité ultérieurement) et de les discuter, grâce à un système de vote, de tags et de forum. Bref, ça offre en quelque sorte à la fois les services d'un blog et d'un serveur de pré-publications -- je suis curieux de voir si l'utilisation en sera aussi fructueuse que ce métissage le laisse l'espérer.
Nature et Science refusent les soumissions au nouveau format Microsoft Word 2007, incompatible avec leur flux éditorial. C'est ça aussi les formats propriétaires...

Antoine Blanchard

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Publier des résultats négatifs, mode d'emploi

in Science

17
juin
2007

La question des résultats négatifs est une question délicate en science. Quand on n'obtient pas le résultat qu'on attendait, faut-il en déduire quelque chose ? Faut-il le publier ? Jusqu'il y a quelques années, de tels résultats intéressaient peu et étaient difficilement publiables. De fait, écrivais-je il y a un an, le mode de communication de la science n'est pas neutre. Mais parce que les résultats négatifs sont aussi des résultats, parce qu'ils permettent d'abandonner des hypothèses erronées, d'ouvrir de nouveaux champs inattendus et d'éviter de réinventer la roue carrée, un mouvement est né pour en promouvoir la publication. De nouvelles revues électroniques se sont créées pour faciliter la diffusion de résultats négatifs, dans tous les domaines :

Dans ce dernier domaine justement, les résultats négatifs paraissent parfois dans des journaux plus ordinaires, comme BMC Genetics. C'est le cas de ces deux articles du groupe de John Todd, de l'université de Cambridge, rapportant l'absence d'association entre le polymorphisme de différents gènes et le diabète de type 1. Pourquoi ces articles là et pas d'autres ?

Le blog "The Contingency Table" nous donne trois raisons :

les résultats présentés sont fiables. Il arrive souvent que l'absence d'association soit obtenue avec une faible confiance statistique, or le groupe de John Todd peaufine toujours l'analyse statistique et possède assez de moyens pour financer des études suffisamment larges pour détecter les effets qu'ils attendent. Ainsi, dans le premier article, ils testent l'association pour 3523 cas, 3817 témoins et 725 familles. D'où un résultat assez convaincant que les SNPs testés ne jouent pas de rôle dans le diabète pour leur échantillon ;
les expériences sont bien pensées : au lieu de simplement présumer que les SNPs de HapMap représentent toutes les variations possibles, ils ont séquencé les gènes d'un petit échantillon de sujets pour découvrir les SNPs. Et ça a payé : ils ont ainsi découvert 22 polymorphismes récurrents, dont 5 seulement étaient recensés par HapMap ;
ils apportent une contribution essentielle à la recherche biomédicale : puisque HapMap ne contient pas toutes les variations possibles, ils montrent qu'il est nécessaire de diversifier les sources d'information dans les études de polymorphisme et d'association.

Vous savez donc ce qu'il vous reste à faire pour publier des résultats négatifs dans la littérature non-spécialisée !

Antoine Blanchard

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Comment écrire des articles scientifiques ennuyeux

in Communication

10
juin
2007

Il est acquis qu'il y a un monde entre les cahiers de laboratoire, les conversations de couloir et ce que les chercheurs publient finalement dans les articles — ce que Pierre Bourdieu nommait l'"hypocrisie de la littérature formelle"^[1]. Faisant ce constat au quotidien, comme le Doc' et d'autres, Kaj Sand-Jensen s'est demandé pourquoi il est difficile — voire impossible — d'écrire un article scientifique sur un autre mode que le style impersonnel et froid, et pourquoi est-ce qu'après tout, la littérature scientifique est si ennuyeuse alors que la science devrait être amusante et attirante^[2] ! Il a ainsi déterminé 10 facteurs rendant les articles ennuyeux, qui sont autant de recommandations à suivre pour être barbant :

se disperser : rien de tel que de longs passages non motivés ou sans différence entre ce qui est important et ce qui ne l'est pas pour dissimuler les idées floues de l'auteur, là où il devrait se concentrer sur un petit nombre d'hypothèses claires ;
être banal : publier des expériences et observations qui ont déjà été faites cent fois avec le même résultat, sans expliquer les conditions expérimentales et avec à peine plus d'enthousiasme, merci !
être long : il ne faudrait jamais se laisser inspirer par des articles courts, même quand ils sont écrits par de fameux prix Nobel et publiés dans des revues prestigieuses comme Science ou Nature ! Comme chacun sait, seuls les longs articles permettent de montrer toute la sagesse et la perspicacité dont vous être capable ;
se passer d'implications et de spéculations : si vous voulez vous assurer des années de travail, évitez de tout écrire dans votre article ; ne mentionnez pas ces spéculations gratuites et ces relations avec d'autres domaines d'étude qui risqueraient de vous mettre en concurrence avec des collègues et de rendre l'article attrayant. N'écrivez pas comme Watson et Crick : It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.
se passer d'illustrations, surtout quand elles sont bonnes : les illustrations font en effet plaisir au lecteur et stimulent l'imagination du poète, alors que chacun sait que la littérature scientifique ne doit pas être imaginative. De plus, pourquoi dire avec une image ce que l'on peut dire avec mille mots ?
zapper des étapes nécessaires de son raisonnement : pourquoi faire des efforts pour bien détailler les étapes de son raisonnement afin d'être compris par tous quand, au fond, on s'adresse à une élite qui comprend très bien les allusions implicites et les passages un peu elliptiques ?
multiplier les abréviations et termes techniques : comme les scientifiques ont sué sang et eau pour apprendre les termes techniques de leur discipline, il est juste qu'ils les utilisent à leur tour abondamment, éventuellement afin de masquer leur manque de maîtrise du sujet. C'est aussi un excellent moyen d'éviter des découvertes interdisciplinaires — nonobstant un investissement dans des traductions entre les différents jargons ;
supprimer l'humour et le langage fleuri : la science se doit d'être sérieuse et a une réputation à défendre, donc pas question d'appeler l'espèce de méduse que vous venez d'identifier Lizzia blondina ;
réduire la biodiversité et la nature à des données statistiques : pas la peine de faire un fromage sur ce bout de forêt qui abrite de nombreuses espèces rares puisqu'on trouve un nombre non significativement différent d'espèces rares dans la forêt voisine. Le but de tout travail en écologie est de tester statistiquement différents modèles — souvent interchangeables, ce qui ne rend l'écriture que plus ennuyeuse ;
citer et citer encore, surtout pour des trivialités : une astuce imparable si, malgré ces conseils, votre article commence à être intéressant : citez à tour de bras, même quand c'est inutile, et plutôt deux fois qu'une ! Ainsi, le lecteur est ralenti dans sa lecture, l'information importante lui est cachée et l'article possède deux fois moins de texte Et si vous avez des doutes… citez vous vous-mêmes, peu importe si c'est à tort ou à raison !

Notes

[1] P. Bourdieu, Science de la science et réflexivité, Raisons d'agir, 2001, p. 52

[2] K. Sand-Jensen, "How to write consistently boring scientific literature", Oikos, 116(5): 723-727, 2007 doi:10.1111/j.2007.0030-1299.15674.x

Antoine Blanchard

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Articles scientifiques, la loi du genre

in Communication

1
juin
2007

Publier des articles, c'est la loi du genre dans la recherche scientifique. A telle enseigne que Bruno Latour^[1] s'interrogeait malicieusement :

Premièrement, tous les soirs, des techniciens transportent des piles de documents de la paillasse aux bureaux — documents équivalant, dans une usine, aux rapports sur ce qui a été traité et fabriqué. Au laboratoire, les documents en question constituent le matériel qui est traité et fabriqué. Deuxièmement, les secrétaires postent des articles émanant du laboratoire à raison d’un en moyenne tous les dix jours. Loin de constituer les rapports de ce qui a été produit dans l’usine, les membres de l’équipe considèrent qu’il s’agit bel et bien des produits de leur usine singulière. Puisque l’on produits des documents sur papier, a-t-on affaire à un organisme de type administratif ?

Les chercheurs, eux, ne le voient pas forcément du même œil. Ce qui ne les empêche pas d'être fiers quand leur dernier article est publié, surtout si c'est dans la fameuse revue Nature !

Mais la loi du genre est aussi dans la structure des articles en question. Au moins en sciences naturelles, le "canon" est relativement bien établi : Introduction / Matériels et méthodes / Résultats / Discussion / Bibliographie.

En fait, c'est beaucoup plus drôle à décrire quand on a sous la main la parodie qu'écrivit Georges Perec dans le milieu des années 1980. Perec, non content d'être un immense écrivain, était aussi… documentaliste au CNRS ! C'est dire qu'il en a vu passer des articles scientifiques ! La parodie en question (à lire en ligne) propose la "Mise en évidence expérimentale d'une organisation tomatotopique chez la soprano (Cantatrix sopranica L.)". Extraits choisis :

Introduction (revue de la littérature existante et situation du problème) :
Les effets frappants du jet de tomates sur les sopranos, observés aux heures ultimes du siècle dernier par Marks et Spencer (1899) qui, les premiers, employèrent le terme de réaction de hurlements (RH), ont été largement décrits dans la littérature. Si de nombreuses études expérimentales (Zeeg & Puss, 1931; Roux & Combaluzier, 1932; Sinon & coll., 1948), anatomopathologique (Hun & Deu, 1960), comparative (Karybb & Szyla, 1973) et prospective (Else & Vire, 1974) ont permis de décrire avec précision ces réponses caractéristiques, les données neuroanatomiques, aussi bien que neurophysiologiques sont, en dépit de leur grand nombre, étonnamment confuses. (…) Nous avons donc décidé d'explorer de manière systématique l'organisation interne croissante ou décroissante de la RH pour tenter d'élaborer un modèle anatomique.
Matériels et méthodes (déroulement de l'expérience — largement enjolivé) :
L'expérimentation a porté sur 107 sopranos de sexe feminin, en bonne santé, pesant entre 94 et 124 kg (moyenne: 101 kg), qui nous ont été fournies par le Conservatoire National de Musique. (…) A aucun moment les animaux n'ont souffert, comme le démontre le fait qu'ils n'aient pas cessé de sourire tout au long de l'expérimentation. (…) Les tomates (Tomato rungisia vulgaris) ont été lancées par un lanceur de tomate automatique (Wait & See, 1972) commandé par un ordinateur de laboratoire polyvalent (DID/92/85/P331), avec traitement des données en série. Les jets répétitifs ont permis d'atteindre 9 projections par seconde, ce qui correspond aux conditions physiologiques rencontrées par les sopranos et les autres chanteuses sur la scène (Tebaldi, 1953). (…) L'analyse statistique des résultats a été réalisée au moyen d'un algorithme inspiré du tennis (Wimbledon, 1974), c'est-a-dire que chaque fois qu'une structure gagnait un jeu, elle était considérée comme étant impliquée dans la RH. Au terme de l'expérimentation, les sopranos ont été perfusées avec de l'huile d'olive et du Glennfidish à 10 %, et mise à incuber à 42,1°C pendant 47 heures, dans du jus d'orange à 15 %. Des coupes de tissus congelés, non colorées, de 2 cm d'épaisseur ont été montées dans un sorbet à la fraise et examinées en microscopie à balayage et à époussetage.
Résultats (avec un tableau de données complètement abscon et de belles figures où l'abscisse est exprimée en unités arbitraires et l'ordonnée en unités internationales) :
Il est intéressant de noter que si l'hémisphère gauche a été pris en compte pour l'analyse statistique, l'hémisphère droit a été laissé de côté.^[2] (…) Les relations temporelles entre ces réponses, illustrées par la figure 3, montrent que l'hypothèse d'une interdigitation en faisceau de sous-réseaux neuronaux est très probable, bien qu'aucune donnée expérimentale ne permette de le confirmer, en raison de la relative difficulté de pénétrer dans ces satanées structures sans détruire tout un tas de choses (Timeo et coll., 1971).
Discussion (où l'on nuance ses résultats et on donne du grain à moudre à ses doctorants/ses sponsors/ses concurrents) :
Le fait que de la péroxydase de raifort injectée dans les cordes vocales des sopranos soit transportée de manière rétrograde des dendrites apicales des nefs vagues vers les synapses tomatotomatiques des voies afférentes du psudo-Gasser controlatéral (Mc Hulott et coll., 1975) démontre avec quelque vraisemblance la nature légumineuse du médiateur tresponsable de la transmission du message des territoires réceptifs à la tomate au circuit de la RTH (Colle et coll., 1973).
Bibliographie (où l'on cite les collègues pour ne pas les fâcher et les rapporteurs pour être bien vu) : par exemple,
Donen, S. & Kelly, G. : Singing in the brain. Los Angeles, M.G.M. Inc. Press. 1956
Pericoloso, O. & Sporgersi, I. : "Sull'effetti tomestetiche e corticali della stimolazione di leguminose nella Diva". Arch. physiol. Schola Cantor. 37, 1805-1972, 1973.

Notes

[1] Dans La Vie de laboratoire, La Découverte, Paris.

[2] C'est-à -dire, dans la version originale en anglais de l'article : It is of interest to notice that, if the left hemisphere was kept for analysis, the right hemisphere was left.

Antoine Blanchard

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