La science, la cité

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Quelques réflexions à propos de l'affaire Voinnet

Depuis le mois de janvier, le biologiste des plantes Olivier Voinnet est dans la tourmente. Sur le site de commentaires par les pairs post-publication PubPeer, ce sont près de 40 articles étalés sur plus de 15 ans qui sont pointés du doigt. En cause, des données qui semblent trafiquées, notamment des figures de résultats expérimentaux qui semblent avoir été montées de toutes pièces sous Photoshop. Alors, fraude ou négligence ?

Nous étions encore à nous interroger quand, le 1er avril, une chercheuse du même domaine témoignait sur le site PubPeer des aléas d’un article d’Olivier Voinnet dont elle s’est retrouvée rapporteuse à trois reprises (deux fois l’article fut refusé, pour être accepté la troisième fois). Elle raconte ainsi que les auteurs ont fait dire différentes choses aux mêmes figures, jetant le trouble sur l’authenticité de leur travail et leur intégrité. Et le 7 avril, Vicky Vance rendait public son rapport de relectrice de l’époque.

Le 9 avril, le CNRS (qui emploie Olivier Voinnet, où il est Directeur de recherche 1e classe) et l’ETH de Zürich (où il est détaché et dirige une équipe d’une trentaine de personnes) annonçaient installer chacun une commission d’enquête composée d’experts indépendants afin de faire toute la lumière sur ces accusations. Il suffit donc désormais d’attendre leur rapport ?

Ce n’est malheureusement pas si simple, et il y a plusieurs raisons d’être inquiet.

D’une part, alors que le CNRS et l’ETH verrouillaient la communication de crise et interdisaient aux protagonistes de communiquer pendant le travail des commissions d’experts, ces deux institutions ne purent s’empêcher d’aller au-delà du factuel dans leur communiqué de presse, pour exprimer leur avis sur les reproches formulés à l’encontre d’Olivier Voinnet :

Indépendamment des travaux de cette commission, le CNRS constate à ce stade que les mises en cause publiques ont porté sur la présentation de certaines figures, mais qu’à sa connaissance, aucune déclaration n’a remis en cause les résultats généraux obtenus par Olivier Voinnet et ses collaborateurs sur le rôle des petits ARN dans la régulation de l’expression des gènes et la réponse antivirale, résultats par ailleurs confirmés à plusieurs reprises, sur le même matériel ou sur d’autres, par différents groupes à travers le monde.

These allegations have come as a surprise to the Executive Board at ETH Zurich. Olivier Voinnet is a scientist whose outstanding research findings have been confirmed repeatedly by other research groups, says Günther (le Vice-président de l’ETH en charge de la recherche et des relations institutionnelles).

Or, comme leur a répondu Vicky Vance dans une lettre ouverte publiée dimanche 12 avril :

I have read that the posts showing fabrication of data in the figures of many of Prof. Voinnet’s articles were viewed by some people as having little importance. The rationale being provided is that the results are still valid because other labs have been able to show the same results. That is NOT completely true. The practice of fabrication of data by the Voinnet lab has had serious negative impact on the field of RNA silencing. Many investigators are, in fact, not able to repeat some aspects of his reported results or have conflicting data. However, once results are published in high impact journals by a powerful and important senior investigator such as Prof. Voinnet, there is little chance to get funding to pursue conflicting data and further experimental approaches are stalled.

Pour reprendre la formule des sociologues David Pontille et Didier Torny, if the absence of reproducibility is often considered a clue to falsification, the opposite is not necessarily true. C’est-à-dire que contrairement aux rayons N et à la mémoire de l’eau qui se sont dégonflés dès le pot aux roses découvert, le domaine des ARN interférents ouvert par Voinnet subsistera après lui. Mais dans quel état ? Le tri entre les résultats valables et les résultats non valables sera considérable, et on réalisera quel coup a été porté contre l’avancée des connaissances et l’éthique scientifique. À cet égard, l’attitude déculpabilisante des tutelles est irresponsable et inadmissible.

D’autre part, la France a un lourd passif en matière de gestion de la fraude scientifique. Revenons un peu en arrière : en septembre 1998, l’éditorial de Science et Vie titré Fraude scientifique : l’exception française regrettait que

il n’existe en France aucune déontologie scientifique. Nulle protection n’est offerte aux dénonciateurs, qui honorent la science en proclamant la vérité au risque de briser leur carrière. Il est temps de s’attaquer sérieusement au mal. Hélas, quand on lit le communiqué de l’Inserm, qui indique que, à sa connaissance, aucune mauvaise conduite scientifique de l’unité 391 n’a pu être démontrée, on n’a pas l’impression d’en prendre le chemin…

Ce qui valait l’ire de l’éditorialiste était l’affaire Bihain, du nom de ce chercheur Inserm bardé de contrats industriels qui annonça avoir découvert un gène de l’obésité susceptible de donner naissance à des traitements révolutionnaires… jusqu’à ce que des soupçons de fraude émergent. Le traitement de l’affaire aussi bien par l’Inserm que par le Ministère fut lamentable (comme en témoigne le résumé qu’en fit Nature) et si bien minoré qu’aujourd’hui cet épisode a été oublié (contrairement à la mémoire de l’eau, qui est pourtant plus vieille de 10 ans) et brille par son absence sur la page Wikipédia dudit Bernard Bihain.

Dix ans plus tard, la France faisait encore figure de mauvais élève dans la lutte contre la fraude scientifique, ce qui n’augure pas de bonnes choses pour l’affaire Voinnet. Mais certains observateurs (je protège mes sources !) estiment que ce scandale qui éclabousse un chercheur médaillé d’argent du CNRS, sans doute le premier grand scandale scientifique de l’histoire du CNRS, ne pourra pas être étouffé comme le fut l’affaire Bihain.

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À quand un "Journal du CNRS" sous licence libre ?

La nouvelle version du Journal du CNRS, désormais en ligne, a été saluée lors de son lancement le 3 mars dernier : voilà un webzine de haute volée, avec une approche éditoriale et une conception technique et graphique à la pointe. Les louanges ont plu, sur Twitter ou (par exemple) dans L’Express. Le site offrait, semble-t-il, tout ce qu’on pouvait attendre du CNRS.

CNRS_le_journal

Sauf que le lendemain, le Wellcome Trust (fondation à but non lucratif et plus grand financeur privé de la recherche en Grande-Bretagne) lançait également son nouveau webzine : Mosaic. Avec un plan média un peu plus poussé (présent sur Twitter, il compte déjà près de 5 000 abonnés) et surtout, surtout, une licence libre :

If you like our written stories, feel free to take them and republish them – they’re all licensed under Creative Commons. This means you’re likely to see our stories cropping up on various other sites around the web, including major media outlets.

Si vous aimez nos articles et reportages, vous êtes libres de les reprendre et les republier — ils sont tous placés sous licence Creative Commons. Ce qui signifie que vous croiserez probablement nos articles sur d’autres sites web, y compris d’importants médias en ligne.

Et effectivement, les articles de Mosaic ont déjà été repris par BBC Future, The Guardian, Gizmodo, CNN, The Independent

A priori, les prétentions du Journal du CNRS sont du même ordre (je souligne) :

Avec le lancement de CNRSlejournal.fr, et conformément à sa mission de diffusion des connaissances, le CNRS sort de sa réserve pour investir l’univers des médias numériques. L’objectif est clairement affiché : partager largement avec les amateurs de science, les professeurs et leurs élèves, les étudiants et tous les citoyens curieux, des contenus que nous destinions jusque-là à la communauté des agents du CNRS, chercheurs, ingénieurs et techniciens, ceux des labos comme ceux des bureaux. Avec ce nouveau site, le CNRS opère une petite révolution pour toucher le plus grand nombre (…).

Pour traduire ces paroles en actes et diffuser réellement des connaissances au plus grand nombre, vous comprendrez comme le Wellcome Trust que rien ne vaut une licence libre. Surtout quand on est un organisme public. Et pourtant, ce n’est pas le cas.

Je ne dis pas que l’équipe de Mosaic a fait ce choix facilement, sans se poser de questions. Ils racontent sur leur blog que la décision a fait débat, pour plusieurs raisons :

  • les licences Creative Commons sont très peu employées dans le journalisme (ils citent deux contre-exemples : Propublica et The Conversation)
  • si un article est repris et (mal) modifié, ça pourrait déformer le sens de l’article original ou faire du mal à la réputation des auteurs
  • si une enquête est co-financée par d’autres organisations, cette licence pourrait ne pas leur convenir.

Heureusement, la vision bienveillante selon laquelle une licence CC-BY permet à n’importe qui de republier un article sur son site/blog ou dans son magazine, de le traduire dans une autre langue, d’en publier une version raccourcie… était plus forte.

Et des protections existent : si une adaptation est jugée mauvaise, la citation du texte original et l’obligation de signaler en quoi il a été adapté protègent les auteurs. De plus, leur droit moral leur permet d’interdire une republication qui porterait préjudice à leur honneur ou réputation. Quant aux auteurs des articles, leur rémunération est compétitive et ils seront satisfaits de gagner ainsi un lectorat supplémentaire.

Il semble donc que la communication scientifique institutionnelle a su se hisser dans les deux pays à la hauteur des attentes du public en matière de beau et de bon… mais que la France est encore accrochée au schéma classique du contenu “fermé” et propriétaire. Interpellé à ce sujet sur Twitter, le directeur adjoint de la communication du CNRS et rédacteur en chef du Journal du CNRS, ne m’a pas répondu. J’espère que les futurs choix stratégiques du Journal du CNRS, ou de ses pairs, sauront corriger ce travers !

Mise à jour du 2 juin : Précision concernant le statut juridique du Wellcome Trust.

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L'éthique, affaire de tous les chercheurs

À l'aimable invitation de Thomas alias @valerossi, je devais intervenir hier avec Mélodie à la journée des doctorants en informatique du Labri pour une table-ronde consacrée à l'éthique, la déontologie et la morale dans la recherche. Une laryngite et une nuit blanche m'ayant joué un sale tour, j'ai malheureusement dû déclarer forfait. Voici la substance de mon intervention, avec quelques tuyaux fournis par les informaticiens David Monniaux et Nicolas Holzschuch que je remercie. Je vous invite également à lire l'autre intervention de Mélodie.

Une mauvaise habitude : créer des comités d'éthique

En général quand on parle d'éthique, c'est en l'accolant au terme "comité" : l'éthique, c'est ce dont s'occupe un comité d'éthique. Et comme il fait ça très bien, on est bien content de pouvoir se reposer sur lui. C'est une tradition américaine, qui fait florès à Bruxelles (Commission européenne) et en France.

Dernier avatar de cette manie : fin 2009, deux rapports du comité d'éthique du CNRS et d'une commission de l'Inria recommandaient la création d'un comité d'éthique sur la recherche dans les sciences et technologies du numérique, de composition pluridisciplinaire.

Dans le même ordre d'idée, le Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche en 2008 a confié au "chargé des relations science-société" du CNRS une mission sur l'intégrité scientifique. Pourquoi est-ce choquant ? Parce qu'associer l'intégrité scientifique, qui concerne chaque chercheur dans son travail le plus fondamental, à l'interface science-société conduit à penser que c'est la société "impure" qui salit les pratiques sinon irréprochables des chercheurs.

Pourquoi c'est dangereux ?

Revenons quelques instants sur le plus connu des comités d'éthique, le Comité consultatif national d'éthique pour les sciences de la vie et de la santé (CCNE), est aussi l'un des tout premiers et date de février 1983. Il s'est imposé comme lieu de la réflexion nécessaire sur les progrès scientifiques en biologie. Cette réflexion se traduisait d'abord par des avis ("voici ce que nous pensons"), puis après 1994 par des recommandations ("voici ce qu'il conviendrait de faire"), conduisant tout droit à des décisions du parlement. Dépourvus de toute légitimité démocratique, les comités d'éthique ont ainsi tendance à supplanter le législateur.

Au niveau communautaire, la Commission a mis en place son premier organe consultatif d'éthique en 1991, pour rassurer les investisseurs en biotech et garder le contrôle du débat.

Pour ces raisons et d'autres, l'éthique ne doit pas être confisquée par quelques "sages" situés au-dessus de la mêlée.

L'éthique, affaire de tous

Pour reprendre ce que disait Lucas Bento [doctorant en droit et intervenant à la table-ronde], la liberté et à l’indépendance du chercheur qui sont autant mis en avant doivent avoir quelques contreparties. Il me semble que le sens de responsabilité en fait partie. Non pas pour "arrêter tout" (quoique…) mais pour prendre de la distance, recentrer les questions ou corriger les réponses.

L'histoire des sciences nous offre quelques exemples parlants :

  • dans les années 1950, les biologistes William Russell et Rex Burch formulent la règle des "3R" pour humaniser l'expérimentation animale : replace - reduce - refine
  • dans les années 1950, Norbert Wiener pressent l’importance des bouleversements sociaux induits par les développements de l’automatique théorique et de ses applications. Il pose alors les fondements de ce qu’il appelle la cybernétique du second ordre, qui étudie la dynamique de systèmes constitués eux-mêmes de systèmes cybernétiques, comme l’est la société.
  • en 1975, Paul Berg (futur prix Nobel) prend soudain conscience des risques du génie génétique et propose par une lettre à ses collègues biologistes de stopper les recherches. Quelques mois plus tard, il organise la conférence d'Asilomar pour réfléchir collectivement à une mitigation des risques, ce qui permit de lever le moratoire. (Au passage, le fait que de nombreux pionniers de la biologie moléculaire étaient d'anciens physiciens ayant participé au projet Manhattan, n'a pas été étranger à cette décision)

Dans son plan stratégique 2008-2012, l'Inria s'était donné pour objectif d'analyser le besoin et de trouver des solutions pour accompagner ses chercheurs confrontés à des questions éthiques. Puis en 2010, il a reconnu que toutes ses équipes de recherche peuvent "être confrontées à des questions éthiques" (source).

L'éthique en pratique dans les sciences et technologies du numérique

Voici les enjeux les plus sensibles en termes d'éthique selon le rapport du Comité d'éthique du CNRS :

  • protection de la vie privée (intrusion, traçabilité, cryptage et confidentialité, conservation des données, gestion des informations personnelles)
  • impact sur l'homme (nouvelles médecines, homme augmenté, manipulations mentales, addictions, saturation cognitive et nouveaux modes de pensée, informatique émotionnelle)
  • droits des robots (le robot comme une personne)
  • risques sanitaires (antennes relais), technologiques (défaillance des appareils) ou environnementaux (déchets électroniques)
  • formation et travail (accès au savoir, télétravail, harcèlement numérique…)
  • échanges économiques (droits de propriété, monnaies et modèles économiques, pratiques commerciales)
  • vie collective (fonctionnement démocratique et e-gouvernement, souveraineté et cyberterrorisme, communautés, gouvernance des réseaux, confiance et défiance)
  • information et connaissances (qualité des informations, mise à disposition d'informations, gestion de la connaissance)

Un comité d'éthique 2.0

Le comité d'éthique que j'appelle de mes vœux c'est celui qui ne se substitue pas à la parole des chercheurs mais qui les sensibilise et forme les chercheurs aux enjeux éthiques, qui soutien des projets de recherche ELSA ("Ethical, legal and social aspects")…

Pour conclure, j'aimerais vous lire un extrait de l'ouvrage collectif Les scientifiques jouent-ils aux dés ?, auquel j'ai participé : "la conscience éthique, tout comme la prise en compte des contraintes externes dans la détermination des champs de recherche, montre simplement que la science ne constitue pas une activité déconnectée du tissu économique et social de son époque. Le mythe du savant enfermé dans sa tour d'ivoire est définitivement révolu".

Je compte sur vous pour le démontrer au quotidien !

Ressources pour exercer sa vigilance

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Nouvelles du front (13)

En juillet, Jà¶rg P. Dietrich complétait dans les Publications of the Astronomical Society of the Pacific son enquête sur le serveur arXiv et le nombre accru de citations dont bénéficient les chercheurs qui soumettent leur article au tout dernier moment de la journée et se retrouvent le lendemain en haut des listes (rappel). Cette fois, il a pu montrer qu'il y a deux effets qui se mélangent : d'une part, les chercheurs vont avoir tendance à  promouvoir leurs meilleurs articles en utilisant cette stratégie (or qui dit meilleure qualité dit plus de citations) et d'autre part, les articles rendus plus visibles par ce stratagème deviennent plus cités (indépendamment de leur qualité intrinsèque). Les administrateurs d'arXiv ont eu vent de cette faille du système et promettent une solution pour bientôt...

Le 8 août, un article de la revue Science se penchait sur l'effet des sanctions des chercheurs accusés de comportement déviants (falsification de données, plagiat etc.) par l'Office of Research Integrity (ORI) américain. La plupart de ces sanctions sont administratives et les auteurs constatent que la falsification ou fabrication de données sont punies plus sévèrement que le plagiat, celui-ci n'entraînant jamais de rétraction d'article. Parmi les 43 chercheurs sanctionnés de l'échantillon, une recherche bibliographique montre que le déclin du nombre de publications est significatif après la sanction, 51% d'entre eux publiant en moyenne un article par an et 12 ne publiant même plus. Sur les 28 chercheurs qui ont pu être retrouvés, la plupart avait changé de travail même si 43% sont restés dans le milieu académique. Certains racontent aussi que leur vie privée en a souffert...

La semaine suivante, Nature rapportait les problèmes éthiques et de procédure d'un travail publié dans le Lancet, touchant à  de la chirurgie urologique à  base de cellules souches. L'essai clinique n'avait pas été autorisé, les patients pas suffisamment informés de la nature de la procédure et pas assurés, le protocole expérimental mal conçu. Et comme souvent, on retrouve des co-signataires de complaisance, dont la publication dit pourtant qu'ils ont participé à  toutes les recherches et traitements.

Pablo Jensen a publié dans le numéro d'août de la revue Science and Public Policy l'étude qu'il présentait au colloque CNRS "Sciences et société en mutation" en février dernier. Laquelle montre que les scientifiques ouverts sur la société publient plus d'articles et que ceux-ci ont plus d'impact en termes de citations, mais aussi que l'implication dans des activités de diffusion n'est pas pénalisante pour la carrière.

Le 29 août, la revue Science rapportait un cas de fraude sur des travaux ayant démontré l'effet cancérigène des champs électro-magnétiques émis par les téléphones portabless. L'histoire est une des plus compliquée que j'ai jamais lu, avec de nombreuses controverses et, on s'en doute, de nombreux enjeux citoyens et économiques.

Le numéro de Nature du 25 septembre consacrait un dossier tout à  fait sérieux à  l'élection américaine. Malheureusement, la quatrième de couverture entrait étrangement en résonance avec la couverture (via Bora). Times Online en parle aussi mais ne dit pas s'il a trouvé l'information sur les blogs.

 OOPS!<br /><br />NATURE, 25 September 2008.<br /><br /><br />

Le classement des revues scientifiques par l'European Science Foundation fait quelques remous, certains comités éditoriaux s'émouvant de leur mauvaise note tandis que d'autres refusaient même de figurer dans le classement ! Dans un excellent texte (via Urfist Info via Pierre Mounier), Yves Gingras explique que ces revues d'histoire et de sociologie des sciences se sont concertées pour dénoncer ces classements superficiels et unidimensionnels et plus ou moins occultes quant à  leur méthode mais regrette la confusion qui existe entre évaluation et bibliométrie (la première étant anarchique et normative, la seconde étant méthodique et descriptive).

Les 1er et 2 octobre s'est tenu à  Paris un colloque sur la réforme et l'avenir de la recherche, sous l'égide de l'ASPERT (Association d'échanges et de réflexion sur l'analyse stratégique, la prospective et l'évaluation de la recherche et de la technologie). Quelqu'un a entendu parler des retombées ? Pas moi en tous cas…

Pour l'automne, le CNRS revêt une nouvelle robe et annonce un nouveau logo avec un choix précis de couleurs qui identifieront les nouveaux instituts à  venir – et ceux déjà  existants – dont le nom figurera juste en dessous du logotype. Son nouveau film institutionnel est quant à  lui signé Jean-Jacques Beineix.

[Mà J 17h45] : Le CNRS explique que pas tout à  fait ronde, novatrice, la forme du logo figure le processus même de la recherche, toujours en devenir, et évoque la matière mise à  la disposition de nos chercheurs par notre planète. ( ) Cette forme, qui le distingue clairement, permet aussi une meilleure visibilité aux côtés d'autres logotypes dans les cas de partenariats. J'espère pour eux qu'ils n'ont pas prévu de collaborer avec le Danemark !

Un premier pas vers le parlement des choses voulu par Bruno Latour ? On nous promet en effet le parlement des créatures pour novembre prochain : le parlement des créatures va faire ressortir les manières dont les plantes, animaux et champignons sont incorporés et exclus des mondes sociaux humains.

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Jean Weissenbach, médaille d'or du CNRS 2008

Le CNRS l'a annoncé le 9 juillet lors d'une conférence de presse : la médaille d'or de l'organisme est remise cette année à  Jean Weissenbach, généticien célèbre pour avoir dirigé le Généthon qui participa au programme mondial de séquençage du génome humain. C'est peut-être parce que j'étais convalescent chez moi après une opération des dents de sagesse (je vais mieux, merci) mais il ne m'a pas semblé avoir vu la nouvelle circuler beaucoup. C'est vrai, nous sommes en période estivale alors que d'ordinaire, le prix est annoncé en septembre ou octobre (Jean Tirole en 2007, Jacques Stern en 2006). Une exception étonnante, qui peut s'expliquer de deux façons :

  • l'agenda du CNRS est très bousculé, n'étant pas sûr d'être encore debout à  la rentrée ; mais dans ces circonstances, on a en général d'autres chats à  fouetter que de remettre des prix. Sauf si…
  • ce prix est une pierre dans le jardin de ceux (suivez mon regard) qui voudraient remettre en question la légitimité du CNRS à  s'occuper des sciences du vivant, comme l'explique bien Sylvestre Huet sur son blog.

Au-delà  de ces considérations, que faut-il penser de ce lauréat ? Je vous laisse libre de votre opinion mais moi, je me suis senti lésé, beaucoup moins enthousiasmé que les précédentes années. En effet, je me reconnais peu dans le type de recherche menées par Jean Weissenbach (de la génétique à  haut débit, de la technoscience façon Craig Venter), éloignées des bricoleurs et penseurs libres qui font la richesse d'un CNRS.

Qu'on ne s'y méprenne pas : le prix n'est pas usurpé et Jean Weissenbach est cité régulièrement sur la shortlist du prix Nobel. Il est aussi un des biologistes les plus cités au monde, et le premier Français. Mais là  encore, les coulisses sont moins flatteurs : son article le plus cité, avec plus de 3000 citations, est celui sur la séquence génétique du génome humain publié dans Nature en 2001. Un travail colossal avec un nombre tout aussi colossal d'auteurs. On est loin de l'artisanat du bout de paillasse, surtout qu'il remettait ça avec la séquence de l'anophèle, de la paramécie, du riz, de la vigne et bien d'autres organismes encore… Une science à  la chaîne, quoi !

One of many rows of ABI 3730xl automated DNA Analyzers for shotgun sequencing.  At 30 billion base pairs per year, they could now sequence the human genome in months.<br /><br />Craig Venter gave us a tour of TIGR. ©© Steve Jurvetson

Je ne critique pas ce travail indispensable, qui a des retombées formidables (et qui a été permis par le Téléthon via le financement de l'AFM, ne l'oublions pas), mais simplement le style de science qui est derrière. Quant à  l'homme, je n'ai rien à  redire : loin d'un Craig Venter, il a toujours défendu l'accès libre aux séquences génétiques et combat le brevetage abusif des gènes (cf. "Faut-il breveter les gènes ?", Biofutur, n° 204, 2000). On se souvient que son collaborateur Charles Auffray avait remis le 28 octobre 1992 à  l'UNESCO les premiers transcrits humains identifiés, en demandant de protéger ces données contre les dangers d'une monopolisation, pour le bénéfice de l'humanité (plus pragmatiquement, il les avait aussi déposées dans la base de données de l'EMBL). Et que quelques années plus tard, en 1997, l'UNESCO adoptait la Déclaration universelle sur le génome humain avec son article premier :

Le génome humain sous-tend l'unité fondamentale de tous les membres de la famille humaine, ainsi que la reconnaissance de leur dignité intrinsèque et de leur diversité. Dans un sens symbolique, il est le patrimoine de l'humanité.

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