La science, la cité

En juillet, Jà¶rg P. Dietrich complétait dans les Publications of the Astronomical Society of the Pacific son enquête sur le serveur arXiv et le nombre accru de citations dont bénéficient les chercheurs qui soumettent leur article au tout dernier moment de la journée et se retrouvent le lendemain en haut des listes (rappel). Cette fois, il a pu montrer qu'il y a deux effets qui se mélangent : d'une part, les chercheurs vont avoir tendance à  promouvoir leurs meilleurs articles en utilisant cette stratégie (or qui dit meilleure qualité dit plus de citations) et d'autre part, les articles rendus plus visibles par ce stratagème deviennent plus cités (indépendamment de leur qualité intrinsèque). Les administrateurs d'arXiv ont eu vent de cette faille du système et promettent une solution pour bientôt...

Le 8 août, un article de la revue Science se penchait sur l'effet des sanctions des chercheurs accusés de comportement déviants (falsification de données, plagiat etc.) par l'Office of Research Integrity (ORI) américain. La plupart de ces sanctions sont administratives et les auteurs constatent que la falsification ou fabrication de données sont punies plus sévèrement que le plagiat, celui-ci n'entraînant jamais de rétraction d'article. Parmi les 43 chercheurs sanctionnés de l'échantillon, une recherche bibliographique montre que le déclin du nombre de publications est significatif après la sanction, 51% d'entre eux publiant en moyenne un article par an et 12 ne publiant même plus. Sur les 28 chercheurs qui ont pu être retrouvés, la plupart avait changé de travail même si 43% sont restés dans le milieu académique. Certains racontent aussi que leur vie privée en a souffert...

La semaine suivante, Nature rapportait les problèmes éthiques et de procédure d'un travail publié dans le Lancet, touchant à  de la chirurgie urologique à  base de cellules souches. L'essai clinique n'avait pas été autorisé, les patients pas suffisamment informés de la nature de la procédure et pas assurés, le protocole expérimental mal conçu. Et comme souvent, on retrouve des co-signataires de complaisance, dont la publication dit pourtant qu'ils ont participé à  toutes les recherches et traitements.

Pablo Jensen a publié dans le numéro d'août de la revue Science and Public Policy l'étude qu'il présentait au colloque CNRS "Sciences et société en mutation" en février dernier. Laquelle montre que les scientifiques ouverts sur la société publient plus d'articles et que ceux-ci ont plus d'impact en termes de citations, mais aussi que l'implication dans des activités de diffusion n'est pas pénalisante pour la carrière.

Le 29 août, la revue Science rapportait un cas de fraude sur des travaux ayant démontré l'effet cancérigène des champs électro-magnétiques émis par les téléphones portabless. L'histoire est une des plus compliquée que j'ai jamais lu, avec de nombreuses controverses et, on s'en doute, de nombreux enjeux citoyens et économiques.

Le numéro de Nature du 25 septembre consacrait un dossier tout à  fait sérieux à  l'élection américaine. Malheureusement, la quatrième de couverture entrait étrangement en résonance avec la couverture (via Bora). Times Online en parle aussi mais ne dit pas s'il a trouvé l'information sur les blogs.

Le classement des revues scientifiques par l'European Science Foundation fait quelques remous, certains comités éditoriaux s'émouvant de leur mauvaise note tandis que d'autres refusaient même de figurer dans le classement ! Dans un excellent texte (via Urfist Info via Pierre Mounier), Yves Gingras explique que ces revues d'histoire et de sociologie des sciences se sont concertées pour dénoncer ces classements superficiels et unidimensionnels et plus ou moins occultes quant à  leur méthode mais regrette la confusion qui existe entre évaluation et bibliométrie (la première étant anarchique et normative, la seconde étant méthodique et descriptive).

Les 1er et 2 octobre s'est tenu à  Paris un colloque sur la réforme et l'avenir de la recherche, sous l'égide de l'ASPERT (Association d'échanges et de réflexion sur l'analyse stratégique, la prospective et l'évaluation de la recherche et de la technologie). Quelqu'un a entendu parler des retombées ? Pas moi en tous cas…

Pour l'automne, le CNRS revêt une nouvelle robe et annonce un nouveau logo avec un choix précis de couleurs qui identifieront les nouveaux instituts à  venir – et ceux déjà  existants – dont le nom figurera juste en dessous du logotype. Son nouveau film institutionnel est quant à  lui signé Jean-Jacques Beineix.

[Mà J 17h45] : Le CNRS explique que pas tout à  fait ronde, novatrice, la forme du logo figure le processus même de la recherche, toujours en devenir, et évoque la matière mise à  la disposition de nos chercheurs par notre planète. ( ) Cette forme, qui le distingue clairement, permet aussi une meilleure visibilité aux côtés d'autres logotypes dans les cas de partenariats. J'espère pour eux qu'ils n'ont pas prévu de collaborer avec le Danemark !

Un premier pas vers le parlement des choses voulu par Bruno Latour ? On nous promet en effet le parlement des créatures pour novembre prochain : le parlement des créatures va faire ressortir les manières dont les plantes, animaux et champignons sont incorporés et exclus des mondes sociaux humains.

La vie de la recherche n'est pas un long fleuve tranquille... La rétractation d'un article qui s'avère bafouer les codes éthiques de la profession, comme l'envoi à  plusieurs revues, la mauvaise attribution des auteurs, le plagiat, l'usage frauduleux des données ou autres^[1] en est la meilleure preuve. Bien plus qu'une simple réfutation de résultats que l'on avait cru juste, il s'agit d'effacer des tablettes de la science ce qui n'aurait jamais dû s'y trouver !

La semaine dernière, c'est le milieu de la biologie végétale qui a été ainsi secoué. Depuis les années 1930 et l'hypothèse du physiologiste russe Mikhail Chailakhyan selon laquelle un signal envoyé par les feuilles sensibles à  la lumière informe les apex du moment de floraison, on en cherchait toujours la nature. Mais un article publié dans Science en 2005 avait montré qu'il s'agit d'un ARN messager, circulant facilement et traduit en protéine FT au niveau de l'apex. Très belle victoire pour cette collaboration franco-suédoise.

Sauf que le résultat était non-reproductible et ne collait pas avec des découvertes plus récentes. C'est la protéine FT elle-même, et non son ARN messager, qui serait le signal circulant dans la plante. Le verdict devait tomber : après le départ du post-doc auteur du travail, les membres de son équipe s'aperçoivent que certaines données de la PCR en temps réel avaient été supprimées ; d'autres avaient été pondérés pour l'analyse statistique. En reprenant les données brutes, la plupart des différences significatives rapportées au cours du temps disparaissent. Et l'article d'être rétracté par les co-auteurs, chercheurs respectables et reconnus dont la crédibilité avait aidé à  faire accepter cette découverte inattendue, mais pas par le post-doc chinois qui court toujours et refuse de reconnaître ses torts !

La rétractation est parfois encore plus "violente" et inattendue. En 2001, deux jours avant les attentats du 11 septembre, un article de génétique (A. Arnaiz-Villena et al., Human Immunology 62(9): 889-900, sept. 2001) osait étudier la variabilité du complexe HLA sur un échantillon de la population palestinienne et concluait à  l’existence d’une étroite parenté génétique entre Palestiniens et Juifs… L'article était surtout ponctué de considérations politiques telles que la rivalité entre les Palestiniens et les Juifs est fondée sur des différences culturelles et religieuses, mais non génétiques. Les réactions indignées de nombreux lecteurs suffirent à  convaincre l’éditeur Elsevier de censurer proprement l'article : retrait de la version électronique en ligne sur Science Direct et de nombreuses autres bases de données type Current Contents ou Science Citation Index et demande diligente à  tous les abonnés de la version imprimée d’ignorer l’article incriminé ou, mieux, de supprimer physiquement les pages correspondantes. Cet autodafé électronique sans précédent pose la question de la mémoire des articles rétractés.

© BMJ

Voici, justement, la politique de l'éditeur de (Pubmed) Medline :

la National Library of Medicine (NLM) ne fait pas la différence entre les articles rétractés pour cause d'erreur de bonne foi et ceux qui sont rétractés pour cause de fraude ou plagiat. Si l'avertissement de la revue est mentionnée comme une rétractation, la NLM l'indexe comme une rétractation. (…) La NLM ne supprime pas la référence d'un article retiré mais la met à  jour pour indiquer qu'il a été rétracté, et lie la référence originale vers la référence de la rétractation.

Bref, Medline conserve tout, parce que son éditeur est public, à  l'inverse des Current contents qui cèdent parfois aux demandes de partenaires privés : on constate effectivement que l'article publié en 2001 dans Human Immunology y est présent.

Dans tous les cas, on peut mieux faire. C'est le sens du débat lancé il y a un mois par l'équipe de rédaction de BioMed Central, qui appelle aussi à  rendre les rétractations plus visibles dans notre monde digital. La notion de "document dynamique", qui rejoint celle des documents mis à  jour en permanence dans les archives de type HAL ou ArXiV, permet d'aller au-delà  des modes habituels de rétractation : un article ici, une rétractation là , emballé c'est pesé… Ou l'on devra s'attendre à  rencontrer toujours ces articles qui citent des articles rétractés, alors même que la rétractation est censée être connue !